2010-01-18
org.kosen.entty.User@3ac1ff1
김한울(firstplace)
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phyML 요즘 안되더라구요, 몇달 전만 해도 바로 메일 오고 했는데
요즘은 제출하고 나면 캄캄 무소식입니다... ㅠ
Maximum like hood 알고리즘으로 phylogenetic tree 만들어야 하는데
다른 사이트는 없을까요? ㅠ
아, 그리고 phyML 사이트에서 프로그램 다운받아서 실행했더니
도스에서 실행되더라구요 ㅠ 어쨌든 프로그램 돌려서 텍스트 파일 얻었는데...
여기서 문제... 트리 그려주는 프로그램을 못찾겠네요.... ㅠ
도와주세요
(정리)
1. phyML 을 대체할 수 있는 ML 알고리즘을 사용하는 프로그램이 있나요?
2. 다운받은 phyML 프로그램의 결과물 텍스트 파일을 이용하여 트리 그려주는
프로그램을 좀 알 수 있을까요?
- phyML
- bioinformatics
- phylogentic tree
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 5
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답변
안길홍님의 답변
2010-01-18- 0
> >phyML 요즘 안되더라구요, 몇달 전만 해도 바로 메일 오고 했는데 > >요즘은 제출하고 나면 캄캄 무소식입니다... ㅠ > >Maximum like hood 알고리즘으로 phylogenetic tree 만들어야 하는데 > >다른 사이트는 없을까요? ㅠ > >아, 그리고 phyML 사이트에서 프로그램 다운받아서 실행했더니 > >도스에서 실행되더라구요 ㅠ 어쨌든 프로그램 돌려서 텍스트 파일 얻었는데... > >여기서 문제... 트리 그려주는 프로그램을 못찾겠네요.... ㅠ > >도와주세요 > >(정리) >1. phyML 을 대체할 수 있는 ML 알고리즘을 사용하는 프로그램이 있나요? >2. 다운받은 phyML 프로그램의 결과물 텍스트 파일을 이용하여 트리 그려주는 >프로그램을 좀 알 수 있을까요? 사이트 접속하여 보세요. > > -
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안길홍님의 답변
2010-01-19- 0
site주소에 r이 빠졌습니다. 미안합니다. -
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김성수님의 답변
2010-01-19- 0
>(정리) >1. phyML 을 대체할 수 있는 ML 알고리즘을 사용하는 프로그램이 있나요? >2. 다운받은 phyML 프로그램의 결과물 텍스트 파일을 이용하여 트리 그려주는 >프로그램을 좀 알 수 있을까요? > 아시겠지만 상용화된 PAUP이 있겠네요. 저희 과에서 가지고 있는 것은 맥용이라 저는 그냥 다운받은 phyml을 이용하여 돌린후 Treeview (http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html)을 이용하여 그립니다. 그린다음 export하여 power point에 붙여 좀 이쁘게 만들죠 번거롭지만 돈 안들죠. ^^ -
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오용식님의 답변
2010-01-19- 0
> >phyML 요즘 안되더라구요, 몇달 전만 해도 바로 메일 오고 했는데 > >요즘은 제출하고 나면 캄캄 무소식입니다... ㅠ > >Maximum like hood 알고리즘으로 phylogenetic tree 만들어야 하는데 > >다른 사이트는 없을까요? ㅠ > >아, 그리고 phyML 사이트에서 프로그램 다운받아서 실행했더니 > >도스에서 실행되더라구요 ㅠ 어쨌든 프로그램 돌려서 텍스트 파일 얻었는데... > >여기서 문제... 트리 그려주는 프로그램을 못찾겠네요.... ㅠ > >도와주세요 > >(정리) >1. phyML 을 대체할 수 있는 ML 알고리즘을 사용하는 프로그램이 있나요? >2. 다운받은 phyML 프로그램의 결과물 텍스트 파일을 이용하여 트리 그려주는 >프로그램을 좀 알 수 있을까요? > > phyML 이라해서 phylip package를 말씀하시는 줄 알았는데, 그런건 아닌거 같군요 ^^;; phylip package를 사용해서도 maximum likelihood 알고리즘으로 phylogenetic tree를 구축할 수 있습니다... 제가 지금 사용을 하고 있구요, 다만 dos 모드라는 것과, 시간이 조금 오래걸린다(?)는 단점이 있습니다;; -
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이상후님의 답변
2010-01-19- 0
> >phyML 요즘 안되더라구요, 몇달 전만 해도 바로 메일 오고 했는데 > >요즘은 제출하고 나면 캄캄 무소식입니다... ㅠ > >Maximum like hood 알고리즘으로 phylogenetic tree 만들어야 하는데 > >다른 사이트는 없을까요? ㅠ > >아, 그리고 phyML 사이트에서 프로그램 다운받아서 실행했더니 > >도스에서 실행되더라구요 ㅠ 어쨌든 프로그램 돌려서 텍스트 파일 얻었는데... > >여기서 문제... 트리 그려주는 프로그램을 못찾겠네요.... ㅠ > >도와주세요 > >(정리) >1. phyML 을 대체할 수 있는 ML 알고리즘을 사용하는 프로그램이 있나요? >2. 다운받은 phyML 프로그램의 결과물 텍스트 파일을 이용하여 트리 그려주는 >프로그램을 좀 알 수 있을까요? > > phyML results를 이용해 tree로 만들 수 있는 프로그램 소개해 드립니다. 무료로 프로그램 설치가 가능하고 사용하기 비교적 쉽습니다. 아래 링크를 확인해 보세요. http://www.treeview.net/
ah5506님 알려주신 사이트로 연결이 안되네요.