2010-03-30
org.kosen.entty.User@28351281
장환봉(nmrchang)
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단백질 구조를 밝히는데 있어서 NMR을 많이 사용하고 있는것으로 알고 있습니다.
그 크기가 너무 크기 때문에 15N과 13C로 단백질을 치환하는것으로 알고 있습니다.
어느정도로 labeling을 해야 NMR로 실험이 가능한지 알고 싶습니다.
한 50% 정도면 가능 할까요?
아니면 100%다 labeling 해야 할까요?
아시는분 계시면 답변 부탁드립니다.
- protein
- lbeling
- NMR
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 3
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조윤환님의 답변
2010-03-31- 0
아래 문헌을 참고하시길... 1. Nature 440, 52-57 (2 March 2006) | doi:10.1038/nature04525 Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations 2. L.P. McIntosh and F.W. Dahlquist (1990) Quart. Rev. Biophys. 23 1-38. 3. D.M. LeMaster (1990) Quart. Rev. Biophys. 23 133-174. -
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이상후님의 답변
2010-03-31- 0
>단백질 구조를 밝히는데 있어서 NMR을 많이 사용하고 있는것으로 알고 있습니다. >그 크기가 너무 크기 때문에 15N과 13C로 단백질을 치환하는것으로 알고 있습니다. > >어느정도로 labeling을 해야 NMR로 실험이 가능한지 알고 싶습니다. >한 50% 정도면 가능 할까요? >아니면 100%다 labeling 해야 할까요? > >아시는분 계시면 답변 부탁드립니다. -NH protons은 보통 물분자들과 slow chemical exchange를 수행합니다. -NH protons은 deuterium과 exchange를 하지 않는 경향이 있기 때문에 그래서 D2O 보다는 H2O에서 시료를 찍는 것이 바람직합니다. 그래서 10% D2O 와 90% H2O의 혼합액이 solvent로 사용되고 있고, NMR을 찍을때 deuterium lock이 걸려지게 됩니다. -
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이호진님의 답변
2010-04-01- 0
단백질 구조를 NMR을 이용해 풀기 위해서는 레이블링을 해야 합니다. 15N의 소스는 15NH4Cl이고, 13C은 13C-글루코즈입니다. 암모니아는 비교적 저렴하기 때문에 단백질을 연구할 때, 15N 시료를 이용해 조건을 최적화한 후에 13C 레이블링을 합니다. 지금은 예전보다 13C 가격이 많이 내려갔습니다. 레이블링 하는 이유는 자연 존재비, NMR 신호 감도들과 관련있습니다. 동위원소가 얼마나 치환되어야 하는지는 계산해보지 않아서 정확히 말씀은 드릴 수 없지만, 80%이상은 되어야 하지 않을까 합니다. 단백질의 특성에 따라 E. Coli나 곤충을 이용한 대량 생산 방법을 이용합니다. 단백질을 화학적인 방법으로 합성하기에는 시간도 많이 걸리고 비용도 만만치 않습니다. 그리고 단백질 크기가 30 kDa 이상이 되면, 아니 그 보다 훨씬 큰 단백질의 경우는 D2O에서 단백질을 키워서 2-H, 13C, and 15N 로 치환해서 연구를 합니다. >단백질 구조를 밝히는데 있어서 NMR을 많이 사용하고 있는것으로 알고 있습니다. >그 크기가 너무 크기 때문에 15N과 13C로 단백질을 치환하는것으로 알고 있습니다. > >어느정도로 labeling을 해야 NMR로 실험이 가능한지 알고 싶습니다. >한 50% 정도면 가능 할까요? >아니면 100%다 labeling 해야 할까요? > >아시는분 계시면 답변 부탁드립니다.