2010-05-10
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생명공학을 전공하고 있는 학부생입니다. 발표 때문에 아래 논문을 읽게 되었는데요.
Localized motif discovery in gene regulatory sequences.(Narang V, Mittal A, Sung WK. Bioinformatics. 2010 May 1;26(9):1152-9. Epub 2010 Mar 11. PMID: 20223835 [PubMed - in process])
전체적인 이해가 딸립니다 .. 굉장히 생소한 분야일뿐만 아니라, 전체 내용이 생물학적인 내용과는 좀 거리가 있는(?) 것 같아서 걱정입니다.
우선 개략적인 내용은, TF가 결합하는 특정 DNA motif를 ab-initio 방식으로 좀더 정확하게 예측할 수 있는 컴퓨터 알고리즘을 발명해냈다는 내용 같습니다. 그런데 제가 이해할 수 있는 부분은 여기까지네요. 뒷부분은 거의 모두가 수식이고 .. 컴퓨터공학적인 내용들 같구요 .. (알고리즘? 모듈? 무슨 개념인지도 모르겠고..)
세부적인 내용으로 들어가면 물론 여쭤보고 싶은 것들이 한두가지가 아닙니다만, 제가 개략적인 큰 개념틀이라도 좀 잡을 수 있는 질문들을 드리고 싶습니다.
특히, "localized motif"에서 localization이란 어떤 의미인지, 여기서는 anchor point라는 것을 이용해서 전후로 interval을 지정해서 motif를 찾아낸다는데 이러한 방식이 어떤 개념인 것인지, (l,d)라는 것이 많이 등장하고 있는데, 이것은 어떠한 개념인지 .. 그리고 이 논문이 언급하는 'biological landmark'라는 것은 ChIP기술을 말하는 것인지요? ChIP-seq은 이 논문과 관련하여 어떤 관련이 있는 것입니까?
아울러, 이 내용을 이해하기 위해 필요한 자료라든가, 참고되는 지식들이 있다면 가르쳐주시면 감사하겠습니다.
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답변 2
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답변
장성재님의 답변
2010-05-10- 0
전문분야는 아니지만 설명을 드리겠습니다. 원문을 보지 못해서 정확한 설명을 드르기 어려우나, 논문의 내용은 제목 그대로 유전자의 조절 부위 즉, 특정 염기서열을 가지는 motif의 위치를 결정하는 프로그램을 개발한 것으로 보입니다. 당연히 localization이란 특정 염기서열(motif)의 위치를 가리키는 것이구요. anchor points란 sequencing 기법을 통해서 얻어낸 대량의 염기서열을 연결시킬 때 사용하는 고정된 염기서열 부위를 의미하는 것 같습니다. biological landmark란 생물학적 기능을 나타내는 즉, motif라고 불리우는 특정 염기서열을 지칭하는 것으로 ChIP (chromatin Immunoprecipitation)이란 이들 정보를 얻기위한 sequencing 기법 중의 하나를 언급한 것 입니다. >생명공학을 전공하고 있는 학부생입니다. 발표 때문에 아래 논문을 읽게 되었는데요. > >Localized motif discovery in gene regulatory sequences.(Narang V, Mittal A, Sung WK. Bioinformatics. 2010 May 1;26(9):1152-9. Epub 2010 Mar 11. PMID: 20223835 [PubMed - in process]) > >전체적인 이해가 딸립니다 .. 굉장히 생소한 분야일뿐만 아니라, 전체 내용이 생물학적인 내용과는 좀 거리가 있는(?) 것 같아서 걱정입니다. > >우선 개략적인 내용은, TF가 결합하는 특정 DNA motif를 ab-initio 방식으로 좀더 정확하게 예측할 수 있는 컴퓨터 알고리즘을 발명해냈다는 내용 같습니다. 그런데 제가 이해할 수 있는 부분은 여기까지네요. 뒷부분은 거의 모두가 수식이고 .. 컴퓨터공학적인 내용들 같구요 .. (알고리즘? 모듈? 무슨 개념인지도 모르겠고..) > >세부적인 내용으로 들어가면 물론 여쭤보고 싶은 것들이 한두가지가 아닙니다만, 제가 개략적인 큰 개념틀이라도 좀 잡을 수 있는 질문들을 드리고 싶습니다. > >특히, "localized motif"에서 localization이란 어떤 의미인지, 여기서는 anchor point라는 것을 이용해서 전후로 interval을 지정해서 motif를 찾아낸다는데 이러한 방식이 어떤 개념인 것인지, (l,d)라는 것이 많이 등장하고 있는데, 이것은 어떠한 개념인지 .. 그리고 이 논문이 언급하는 'biological landmark'라는 것은 ChIP기술을 말하는 것인지요? ChIP-seq은 이 논문과 관련하여 어떤 관련이 있는 것입니까? > >아울러, 이 내용을 이해하기 위해 필요한 자료라든가, 참고되는 지식들이 있다면 가르쳐주시면 감사하겠습니다. -
답변
장성재님의 답변
2010-05-10- 0
먼저 올린 글이 수정이 안되서 보충 내용을 따로 올립니다. anchor points란 최근의 대규모 sequencing 기법을 통해서 얻어낸 대량의 염기서열을 연결시킬 때 사용하는 즉, sequence alignment에 이용하는 고정된(보존된) 염기서열 부위를 의미하는 것 입니다. anchor points와 관련된 논문의 웹사이트를 첨부하니 참고하시길 바랍니다. http://www.almob.org/content/1/1/6 >생명공학을 전공하고 있는 학부생입니다. 발표 때문에 아래 논문을 읽게 되었는데요. > >Localized motif discovery in gene regulatory sequences.(Narang V, Mittal A, Sung WK. Bioinformatics. 2010 May 1;26(9):1152-9. Epub 2010 Mar 11. PMID: 20223835 [PubMed - in process]) > >전체적인 이해가 딸립니다 .. 굉장히 생소한 분야일뿐만 아니라, 전체 내용이 생물학적인 내용과는 좀 거리가 있는(?) 것 같아서 걱정입니다. > >우선 개략적인 내용은, TF가 결합하는 특정 DNA motif를 ab-initio 방식으로 좀더 정확하게 예측할 수 있는 컴퓨터 알고리즘을 발명해냈다는 내용 같습니다. 그런데 제가 이해할 수 있는 부분은 여기까지네요. 뒷부분은 거의 모두가 수식이고 .. 컴퓨터공학적인 내용들 같구요 .. (알고리즘? 모듈? 무슨 개념인지도 모르겠고..) > >세부적인 내용으로 들어가면 물론 여쭤보고 싶은 것들이 한두가지가 아닙니다만, 제가 개략적인 큰 개념틀이라도 좀 잡을 수 있는 질문들을 드리고 싶습니다. > >특히, "localized motif"에서 localization이란 어떤 의미인지, 여기서는 anchor point라는 것을 이용해서 전후로 interval을 지정해서 motif를 찾아낸다는데 이러한 방식이 어떤 개념인 것인지, (l,d)라는 것이 많이 등장하고 있는데, 이것은 어떠한 개념인지 .. 그리고 이 논문이 언급하는 'biological landmark'라는 것은 ChIP기술을 말하는 것인지요? ChIP-seq은 이 논문과 관련하여 어떤 관련이 있는 것입니까? > >아울러, 이 내용을 이해하기 위해 필요한 자료라든가, 참고되는 지식들이 있다면 가르쳐주시면 감사하겠습니다.