2011-01-13
org.kosen.entty.User@611020cb
이인석(thssla)
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알고 있는 아미노산을 입력하여 3차원 단백질 구조를 보고 분석할 수 있는 프로그램을 추천해 주세요
그리고 알고 있는 단백질 아미노산 중 몇개를 치환하면 구조가 어떻게 변화는지 알 수 있는 프로그램이나 사이트도 추천해 주세요 또한 이런 것에 대해서 공부를 하려면 기초부터 어떻게 해야하는지 알려 주세요
감사합니다.
- protein
- protein structure
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
답변 3
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답변
조민규님의 답변
2011-01-14- 1
질문하신 것이, 단백질의 1차구조(아미노산 서열)에서 3차구조 (3차원 구조)를 '예측'하는 것이라면, 아래의 wiki를 보면 표에서 ab initio라는 항목의 프로그램들이 있습니다. http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structure_prediction_software 구조를 보여주는 프로그램들은 http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_molecular_graphics_systems 두번째 질문인 '치환에 따른 3차원 구조의 변화 예측'은 많은 연구자들이 왕성히 연구하는 큰 분야 입니다. 이와 밀접히 관련된 분야가 단백질 접힘 (protein folding) 현상인데, 영어이긴 하지만 일종의 게임처럼 접근해볼 수 있는 프로그램이 있습니다. http://fold.it/portal/ 세번째 질문에 대한 답변으로는, 수학과 물리학에 대한 대학 기초과목들과 물리화학, 생화학 관련 과목들을 추천드립니다. >알고 있는 아미노산을 입력하여 3차원 단백질 구조를 보고 분석할 수 있는 프로그램을 추천해 주세요 >그리고 알고 있는 단백질 아미노산 중 몇개를 치환하면 구조가 어떻게 변화는지 알 수 있는 프로그램이나 사이트도 추천해 주세요 또한 이런 것에 대해서 공부를 하려면 기초부터 어떻게 해야하는지 알려 주세요 > >감사합니다. -
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이재옥님의 답변
2011-01-14- 0
>알고 있는 아미노산을 입력하여 3차원 단백질 구조를 보고 분석할 수 있는 프로그램을 추천해 주세요 >그리고 알고 있는 단백질 아미노산 중 몇개를 치환하면 구조가 어떻게 변화는지 알 수 있는 프로그램이나 사이트도 추천해 주세요 또한 이런 것에 대해서 공부를 하려면 기초부터 어떻게 해야하는지 알려 주세요 > >감사합니다. 기존의 PDB를 template로 3차구조 예측 http://swissmodel.expasy.org/ Template 없이 가능하며, small peptide도 가능 http://www.scfbio-iitd.res.in/bhageerath/index_new.jsp http://www.bioinfo.rpi.edu/bystrc/hmmstr/server.php 여러 가능성의 구조들을 비교하여 최상의 것을 선정 http://compbio.soe.ucsc.edu/SAM_T08/T08-query.html 그외 preoteomics 관련 다양한 정보 가능 http://expasy.org/tools/#proteome -
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이상후님의 답변
2011-01-17- 0
>알고 있는 아미노산을 입력하여 3차원 단백질 구조를 보고 분석할 수 있는 프로그램을 추천해 주세요 >그리고 알고 있는 단백질 아미노산 중 몇개를 치환하면 구조가 어떻게 변화는지 알 수 있는 프로그램이나 사이트도 추천해 주세요 또한 이런 것에 대해서 공부를 하려면 기초부터 어떻게 해야하는지 알려 주세요 > >감사합니다. 기지의 아미노산 서열을 입력하여 3차원 구조를 확인할 수 있는 프로그램은 몇가지가 잘 알려져 있습니다. 대표적인 프로그램으로는 다음과 같습니다. RasMol (http://www.umass.edu/microbio/rasmol), Cn3D (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml) PyMOL (http://pymol.sourceforge.net/) MOLMOL (http://hugin.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/) 이런 프로그램들은 이미 찾고자 하는 단배질의 아미노산 서열을 모두 알고 있어야 합니다. 그런데, 일부 아미노산 몇개를 치환했을 경우 바뀌는 3차원 구조 예측 프로그램은 단순하게 위의 4개의 프로그램으로는 가능하지 않습니다. 이런 경우는 계산화학에 근거하여 단백질 구조의 3차원 구조를 예측할 수 있는 전문적인 software가 필요합니다. 물론 이쪽 분야에 숙련된 전문가의 지식도 필요합니다. 프로그램 자체도 유료로서 상당히 고가입니다. 분자설계를 다루기 위해서는 기본적으로 화학, 생화학, 물리학, 물리화학 등을 공부해야 하며 조금 더 심도있게 공부하기 위해서는 분자설계학과 경우에 따라서는 생물정보학 등도 기본적으로 필요합니다.
고맙습니다.