2011-02-07
org.kosen.entty.User@69f036ab
정중순(wjdwndtns)
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안녕하세요 바이러스쪽으로 공부하는 초짜 대학원생입니다.;; 논문을 읽다 궁금한점이 있어 질문합니다.
Retrovirus의 일종인 Visna/maedi virus에 관한 논문을 읽다 Real-time PCR과 RT real-time PCR의 민감도를 비교하는 부분인데
retrovirus가 RNA virus이기때문에 host cell에 gene을 삽입한 상태인 provirus에서 DNA를 추출하여 정량하고 RT PCR의 경우 그냥 상층액에 존재하는 virus 자체의 RNA를 정량하는 건가요??
cloning 후 standard curve를 작성한후 정량할 때 DNA이나 RNA의 정확한 copy수를 측정하는데 있어서 PCR의 product에 specific한 Primer를 사용하였기때문에 host cell이나 다른 DNA또는 RNA에 반응 하지 않는다고 보고 정확하게 정량했다고 봐야하는건가요?
아래 내용을 보면 같은 sample에서 각각의 kit를 사용하여 DNA와 RNA를 추출 하였는데 측정한 DNA와 RNA가 virus 외의 host cell의 것도 포함 될 수 있다고 보여지는데 정확한 정량을 한거라고 볼 수 있는지.. (보통 농도를 측정할때 UV값으로 정하는데.. 이 방법으로 정확한 virus의 DNA와 RNA의 양만 측정할 수있는건가요?) 이 방법 말고 DNA나 RNA의 양을 정량할수 있는 방법이 또 있는건가요?
논문 Method의 일부분입니다.
2.5.4. Gag real-time vs. GAG real-time RT PCR assay performance
DNA and RNA were extracted (Dneasy Tissue Kit and RNeasy Mini Kit, Qiagen, Hilden, Germany) from aliquots of the same EV1 infected ovine fibroblast cell culture 2 days post-infection (p.i.) (m.o.i. of 0.4 TCID50/cell). Following fluorometric quantitation, serially diluted DNA (140 ng/l to 0.14 pg/l) and RNA (100 ng/l to 0.1 pg/l) were amplified by real-time PCR and real-time RT PCR respectively. Each sample was tested in triplicate. The results were expressed as viral copy numbers per microgram of DNA and RNA respectively.
- Virus
- copy
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