2011-03-23
org.kosen.entty.User@1c0596d0
김종민(rosemoss27)
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small molecule과 binding하는 미지의 단백질을 찾고 싶습니다.
표지되지않은 작은 케미컬(천연물 분리물질)이라 제가 알고있는 어떤 방법을 써도 이 케미컬과 붙는(붙으리라 예상되는) 단백질을 분리하여 동정 할 수가 없네요.
콜레스테롤과 비슷한 물질로 분자량은 600정도 됩니다. 미지의 단백질은 cell lysate 중에서 찾아야 할 듯 합니다.
좋은 실험방법 아시는분들의 조언 부탁드립니다.
- small molecule binding
- ligand fishing
- chemical & protein interaction
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 6
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답변
정영환님의 답변
2011-03-29- 0
어떤 방법을 사용하셨는지는 모르겠으나... 케미컬이 어느정도 확보가 되고 functional group이 존재하는 경우에는 케미컬을 이용한 affinity column을 만들어 보시기 바랍니다. 다양한 activated resin이 시판되니까 적당한 resin 혹은 링커를 사용해서 column을 만드시고 미지의 단백질에 대한 분리정제를 시도를 해보시기 바랍니다. 경우에 따라서는 시료의 전처리가 필요할지도 모르겠군요... >small molecule과 binding하는 미지의 단백질을 찾고 싶습니다. >표지되지않은 작은 케미컬(천연물 분리물질)이라 제가 알고있는 어떤 방법을 써도 이 케미컬과 붙는(붙으리라 예상되는) 단백질을 분리하여 동정 할 수가 없네요. > >콜레스테롤과 비슷한 물질로 분자량은 600정도 됩니다. 미지의 단백질은 cell lysate 중에서 찾아야 할 듯 합니다. > >좋은 실험방법 아시는분들의 조언 부탁드립니다. -
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이상후님의 답변
2011-03-29- 0
>small molecule과 binding하는 미지의 단백질을 찾고 싶습니다. >표지되지않은 작은 케미컬(천연물 분리물질)이라 제가 알고있는 어떤 방법을 써도 이 케미컬과 붙는(붙으리라 예상되는) 단백질을 분리하여 동정 할 수가 없네요. > >콜레스테롤과 비슷한 물질로 분자량은 600정도 됩니다. 미지의 단백질은 cell lysate 중에서 찾아야 할 듯 합니다. > >좋은 실험방법 아시는분들의 조언 부탁드립니다. 상당히 어려운 실험주제인거 같군요. 우선은 small molecule의 물리,화학적 성질을 규명할 필요가 있을 거 같습니다. 분리된 천연물질이 소수성인지 친수성인지부터 확인이 필요할 거 같으며, 대략적인 구조를 조사한 후에 본 실험을 진행해야 될 거 같군요. 그런데 천연물과 미지의 단백질과의 비공유 결합을 찾는 것은 상당히 어려운 문제입니다. 만약 항원-항체반응의 원리를 이용한다면 천연물이 항원으로 작용하여 이에 합당한 항체로 작용할 수 있는 단백질을 찾아볼 수는 있을 거 같습니다만, cell lysate에서 찾을 경우에는 더욱 더 쉽지는 않을 거 같습니다. 이럴 경우에는 monoclonal antibody 기법을 이용해 보세요. 윗분이 설명하신 것처럼 분리한 천연물질을 레진에 고정화 시킨후에 cell lysate를 흘려주게 되면 특이적으로 결합하는 단백질이 있을 수도 있을거 같습니다. -
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김정민님의 답변
2011-03-30- 0
Pull Down Assay: small molecule에 detection할 수 있는 molecule을 결합시키고 pull down을 하면 결합하고 있는 단백질을 분리, 동정할 수 있을 것입니다. 자세한 방법은 구글과 논문을 검색하고 공부해야 할 것입니다. -
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이희정님의 답변
2011-03-30- 0
>small molecule과 binding하는 미지의 단백질을 찾고 싶습니다. >표지되지않은 작은 케미컬(천연물 분리물질)이라 제가 알고있는 어떤 방법을 써도 이 케미컬과 붙는(붙으리라 예상되는) 단백질을 분리하여 동정 할 수가 없네요. > >콜레스테롤과 비슷한 물질로 분자량은 600정도 됩니다. 미지의 단백질은 cell lysate 중에서 찾아야 할 듯 합니다. > >좋은 실험방법 아시는분들의 조언 부탁드립니다. -
답변
이희정님의 답변
2011-03-30- 0
>small molecule과 binding하는 미지의 단백질을 찾고 싶습니다. >표지되지않은 작은 케미컬(천연물 분리물질)이라 제가 알고있는 어떤 방법을 써도 이 케미컬과 붙는(붙으리라 예상되는) 단백질을 분리하여 동정 할 수가 없네요. > >콜레스테롤과 비슷한 물질로 분자량은 600정도 됩니다. 미지의 단백질은 cell lysate 중에서 찾아야 할 듯 합니다. > >좋은 실험방법 아시는분들의 조언 부탁드립니다. -
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김상태님의 답변
2011-04-15- 0
>small molecule과 binding하는 미지의 단백질을 찾고 싶습니다. >표지되지않은 작은 케미컬(천연물 분리물질)이라 제가 알고있는 어떤 방법을 써도 이 케미컬과 붙는(붙으리라 예상되는) 단백질을 분리하여 동정 할 수가 없네요. > >콜레스테롤과 비슷한 물질로 분자량은 600정도 됩니다. 미지의 단백질은 cell lysate 중에서 찾아야 할 듯 합니다. > >좋은 실험방법 아시는분들의 조언 부탁드립니다. -단백질의 아미노기/카르복실기와 결합하게 SMALL 분자에 CHARGE개질화하여 상호결합하도록 변형시키도록