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아직 알려지지 않은 promoter assay를 진행하려고 하는데
분석해주는 좋은 program이라던지
참고할만한 paper가 있으면
조언부탁드리겠습니다.
감사합니다.
- promoter
- program
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변
홍선택님의 답변
2011-07-05- 2
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아직 알려지지 않은 promoter assay를 진행하려고 하는데
분석해주는 좋은 program이라던지
참고할만한 paper가 있으면
조언부탁드리겠습니다.
감사합니다.
정확한 분석은 안되지만 대략적인 정보를 얻을 수 있는 web-based program은 다음과 같습니다.
Genomatix : http://www.genomatix.de/cgi-bin/sessions/login.pl?s=d15807631c891a5c159cf9d2aa69508d
TRANSFAC : http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html
free version이 있으니 사용해 보시기 바랍니다.
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답변
김정민님의 답변
2011-07-05- 2
아래 사이트를 이용하시면 도움이 될 듯 합니다.
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답변
임미정님의 답변
2011-07-05- 2
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아직 알려지지 않은 promoter assay를 진행하려고 하는데
분석해주는 좋은 program이라던지
참고할만한 paper가 있으면
조언부탁드리겠습니다.
감사합니다.
Promoter내의 transcription factor binding site를 분석해 주는 Web-based site 입니다
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/
분석 후 중요부위를 토대로 연구 계획을 세우시면 좋을 것 같네요..
좋은 결과 얻으시길
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답변
김제현님의 답변
2011-07-06- 0
첨부파일
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아직 알려지지 않은 promoter assay를 진행하려고 하는데
분석해주는 좋은 program이라던지
참고할만한 paper가 있으면
조언부탁드리겠습니다.
감사합니다.
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Transfac등 web site는 여러분이 소개해주셨고
paper하나 참고로 소개합니다.
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답변
김성학님의 답변
2011-07-29- 0
아직도 이 부분에 대해서는 쉽지 않은 일일 거라 생각됩니다.
최근 찾은 사이트인데 참고하셔도 좋을 듯 싶습니다.
잘 아시겠지만 유전자 정보를 쉽게 access할 수 있는 곳인데
이 곳에 가셔서 원하는 유전자를 입력후 바로 아래 세번째 컬럼에 Regulatory elements라고 하는
QIAGEN 회사 표시되어 있는 곳이 있습니다.
그 부분을 보시면 가능성이 높은 transcription factor가 리스트 되어 있고 클릭하셔서 들어가시면
더 많은 정보를 보실 수 있습니다 (ex. Transcription start site, view other transcription factors).
단지 CHIP primer 유료 판매를 목적으로 만든 곳이기 때문에 여러 제약은 있지만 Free하게
많은 정보를 얻을 수 있습니다. 또 Genomic 위치도 언급되어 있기 때문에 NCBI 혹은 Ensembl과 함께 비교 분석해보시면 관련성 있는 Transcription factor의 위치를 찾으실 수 있을 겁니다.
수고하세요.
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아직 알려지지 않은 promoter assay를 진행하려고 하는데
분석해주는 좋은 program이라던지
참고할만한 paper가 있으면
조언부탁드리겠습니다.
감사합니다.
좋은 정보 감사드립니다.sthong7님