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PCR product 를 전기영동하였습니다.
gel은 2.5% agarose gel을 사용하였구요.
PCR Product size는 177bp 입니다.
그런데 계속해서 band가 이렇게 걸려서 내려오지 않은 것처럼 보이는데요..
그에 반해 marker는 아무 이상 없이 running이 잘 되었습니다.
running 조건은 100V에서 30분입니다.
어떤 경우에 이런 결과가 보이는지 알고 싶습니다.
- PCR
- 전기영동
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변
장성재님의 답변
2011-08-08- 2
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일단 PCR 반응이 안갔네요.
어떤 샘플을 사용하셨는지 target gene은 무엇인지 등등 자세한 PCR 조건을 언급해주시면 도움을 드리도록 하겠습니다.
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PCR product 를 전기영동하였습니다.
gel은 2.5% agarose gel을 사용하였구요.
PCR Product size는 177bp 입니다.
그런데 계속해서 band가 이렇게 걸려서 내려오지 않은 것처럼 보이는데요..
그에 반해 marker는 아무 이상 없이 running이 잘 되었습니다.
running 조건은 100V에서 30분입니다.
어떤 경우에 이런 결과가 보이는지 알고 싶습니다.
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답변
이해진님의 답변
2011-08-10- 0
저는 PCR시작한지는 얼마 안되었지만요.
체크할 사항으로 본다면...
1. PCR 온도와 cycle을 paper들을 찾아봤을 때 가장 많이 선호되는 컨디션을 사용했는가? (온도가 ？지 않으면 밴드가 아예 뜨지를 않습니다.)
2. PCR 기계 넣기전에 sample을 spin down 했는가? (안했을경우 PCR반응이 잘 일어나지 않습니다.)
3. 확인차 하는 PCR product도 안나온 것으로 보아 온도나 cycle보다는 sample이나, sample buffer에서 문제가 발생한 것으로 전 추측 되기는 합니다.
sample에 문제라면 여러 경우가 있지만 기본적으로
1. prep때 실수
2. mixture 만들때 용량을 잘못넣을경우
3. sample을 냉장보관을 하지 않고, 냉동이나 상온에 두었을경우
등등...
밴드가 저렇게 나오는 변수는 너무 많아요.
전문가들의 조언을 얻기위해서는
- mixture를 얼만큼 넣었는가?
- sample보관은 어떻게 했는가?
- PCR 돌릴때 온도와 사이클은 어떻게 했는가?
- 어던 유전자를 했는가?
등등 보다 정확한 조건을 적어 주시는 것이 좋을것 같아요.
저는 일단 이렇게 알고있지만 더 많이 해보신 분들이 더 좋은 답변 주시기를 바라며~
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PCR product 를 전기영동하였습니다.
gel은 2.5% agarose gel을 사용하였구요.
PCR Product size는 177bp 입니다.
그런데 계속해서 band가 이렇게 걸려서 내려오지 않은 것처럼 보이는데요..
그에 반해 marker는 아무 이상 없이 running이 잘 되었습니다.
running 조건은 100V에서 30분입니다.
어떤 경우에 이런 결과가 보이는지 알고 싶습니다.
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답변
김상태님의 답변
2011-08-31- 0
-------------------------------------질문-------------------------------------
PCR product 를 전기영동하였습니다.
gel은 2.5% agarose gel을 사용하였구요.
PCR Product size는 177bp 입니다.
그런데 계속해서 band가 이렇게 걸려서 내려오지 않은 것처럼 보이는데요..
그에 반해 marker는 아무 이상 없이 running이 잘 되었습니다.
running 조건은 100V에서 30분입니다.
어떤 경우에 이런 결과가 보이는지 알고 싶습니다.
-농도가 2.5%이면 아주 높은 농도인데 이 사이즈에서 안 내려 오면 불순물인거나 타켓 밴드가 아닐 수 잇음
감사합니다.꾸벅^^
추가 정보를 드리자면,
먼저 target gene은 virus gene 이구요.(RNA virus)
sample은 RT-PCR product입니다.
RT-PCR로부터 product를 확인한 결과, 223bp의 band를 확인하였습니다.
여기서 5ul를 template으로 하여 nested PCR를 한 결과입니다.
PCR 조건은, 94℃ 10min
94℃ 1min
50℃ 1min
72℃ 0.5min 35cycle
72℃ 7min
4℃ hold
PCR kit는 INtRon을 사용하였습니다.
참고로 kit 상으로는 문제가 없음을 확인하였구요.
자세한 조언을 부탁드려요....
감사합니다.^^