- 2
histone modification의 변화를 볼 때, 보통 chip assay를 이용하는 것으로 알고 있습니다 -
그중에 전사를 activation 시키는 histone modification은 특정 잔기의 acetylation이나 일부 methylation으로 일어나고 결국은 유전자 부위로부터 histone이 분리가 되잖아요..
제 실험에서는
특정 modification을 일어나게 하는 agent를 처리를 하고나서, 원하는 유전자 부위에서 약물 처리 전과 후의 modification양의 증감을 비교하기 위해서, 그 modification에 해당하는 antibody를 이용하여 chip assay를 하구, RT-PCR를 합니다.
여기서 질문이..
결과 data를 보면 대부분의 논문에서는 input으로만 normalize를 하더라구요-
histone으로 normalize 해야되는 게 아닐까요?
만약의 별도로 histone으로 chip 한 data를 보여줌으로써 histone의 양은 변하지 않았다라는 것을 보여줄 수 있으면 문제가 되지 않는데요
제가 하는 실험에서는 histone 처리 전과 후에 특정 유전자 부위에서 histone으로 chip을 하게 되면 histone의 양(%input)이 처리 전보다 확 감소합니다...
실험상의 문제는 아닐거 같은데
이렇게 되면 histone modification 을 볼 때 input으로 normalize 했음에도 불구하고
값을 신뢰하기가 어려울 것 같은데 -
이런 경우에 histone으로 normalize해도 되는 건지.. 궁금합니다.
histone으로 normalize한 논문 혹시 알고 계시면.. 메일로 좀 부탁드릴게요..
제쪽분야에서는 전부 input으로만 normalize해서요.ㅜㅜ
무조건 input으로만 해야하나요??
아니면 input으로 normalize한 histone으로 다시 modification 값을 normalize하는 것은요?
..
답변 부탁드리겠습니다.
- histone modification
- chip assay
- normalize
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
-
답변
김정민님의 답변
2011-08-23- 0
Input으로 normalization하는 것이 바람직할듯 합니다.
chIP하는 각 시료의 input으로 보정한다면 어떤 논쟁도 없을듯 합니다.
-
답변
김상태님의 답변
2011-08-31- 0
-------------------------------------질문-------------------------------------
histone modification의 변화를 볼 때, 보통 chip assay를 이용하는 것으로 알고 있습니다 -
그중에 전사를 activation 시키는 histone modification은 특정 잔기의 acetylation이나 일부 methylation으로 일어나고 결국은 유전자 부위로부터 histone이 분리가 되잖아요..
제 실험에서는
특정 modification을 일어나게 하는 agent를 처리를 하고나서, 원하는 유전자 부위에서 약물 처리 전과 후의 modification양의 증감을 비교하기 위해서, 그 modification에 해당하는 antibody를 이용하여 chip assay를 하구, RT-PCR를 합니다.
여기서 질문이..
결과 data를 보면 대부분의 논문에서는 input으로만 normalize를 하더라구요-
histone으로 normalize 해야되는 게 아닐까요?
만약의 별도로 histone으로 chip 한 data를 보여줌으로써 histone의 양은 변하지 않았다라는 것을 보여줄 수 있으면 문제가 되지 않는데요
제가 하는 실험에서는 histone 처리 전과 후에 특정 유전자 부위에서 histone으로 chip을 하게 되면 histone의 양(%input)이 처리 전보다 확 감소합니다...
실험상의 문제는 아닐거 같은데
이렇게 되면 histone modification 을 볼 때 input으로 normalize 했음에도 불구하고
값을 신뢰하기가 어려울 것 같은데 -
이런 경우에 histone으로 normalize해도 되는 건지.. 궁금합니다.
histone으로 normalize한 논문 혹시 알고 계시면.. 메일로 좀 부탁드릴게요..
제쪽분야에서는 전부 input으로만 normalize해서요.ㅜㅜ
무조건 input으로만 해야하나요??
아니면 input으로 normalize한 histone으로 다시 modification 값을 normalize하는 것은요?
..
답변 부탁드리겠습니다.
-아마 히스톤에 모두 해리된 듯함 그래서 IP-CHIP 이나 코브라 CHIP ASSAY할 필요가 잇음