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PCR을 처음 배우는 학생입니다
연골세포를 PCR을 돌려 실험을 해본결과 CT 값을 기반으로 fold change 값을 구했습니다
GAPDH갑을 고려하여 Fold Change = 2-Δ(ΔCT) 를 구했는데
collagen type I은 0.3
collagen type III은 0.0004 가나왔습니다
이것이 무엇을 의미하는지 알고 싶습니다
passage가 증가할수록 collagen type I은 증가하고 collagen type II는감소한다고 알고있는데
값이 갖는의미를 정확하게 알고싶습니다
- rt PCR
- fold change
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변
김응삼님의 답변
2011-11-06- 0
qPCR에서 delta Ct = Ct,target gene - Ct, refereence gene (여기서는 Ct, GAPDH)
delta delta Ct = delta Ct, experiment - delta Ct, control 로 정의됩니다.
질문 내용에서 연골세포 실험에 대한 실험군과 대조군에 대한 각각의 delta Ct를 구하였을 경우,
2^ - delta delta Ct는 실험군의 연골 세포에서 발현하는 target gene의 expression level이 대조군의 연골세포에서 발현하는 target gene의 expression에 대한 비(ratio)가 되겠습니다.
만약 단순히 2^-delta Ct를 구하였다고 하면 대조군 (혹은 실험군)의 연골 세포에서 발현하는 target gene의 expression level을 동일한 세포군에서 발현하는 GAPDH level과 비교한 값이 되겠되습니다. 즉 GAPDH level에 대한 target gene의 발현 level의 비(ratio)값이 되겠습니다.
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PCR을 처음 배우는 학생입니다
연골세포를 PCR을 돌려 실험을 해본결과 CT 값을 기반으로 fold change 값을 구했습니다
GAPDH갑을 고려하여 Fold Change = 2-Δ(ΔCT) 를 구했는데
collagen type I은 0.3
collagen type III은 0.0004 가나왔습니다
이것이 무엇을 의미하는지 알고 싶습니다
passage가 증가할수록 collagen type I은 증가하고 collagen type II는감소한다고 알고있는데
값이 갖는의미를 정확하게 알고싶습니다
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답변
김상태님의 답변
2011-12-30- 0
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PCR을 처음 배우는 학생입니다
연골세포를 PCR을 돌려 실험을 해본결과 CT 값을 기반으로 fold change 값을 구했습니다
GAPDH갑을 고려하여 Fold Change = 2-Δ(ΔCT) 를 구했는데
collagen type I은 0.3
collagen type III은 0.0004 가나왔습니다
이것이 무엇을 의미하는지 알고 싶습니다
passage가 증가할수록 collagen type I은 증가하고 collagen type II는감소한다고 알고있는데
값이 갖는의미를 정확하게 알고싶습니다
-이것은 대조군인 gapdh을 1로 보아서 0.3배이고 0.0004배라는 의미로 패세이지가 증가하면 증가된다면 발현량이 증가되는 의이며 특히 C-i이 c-iii보다 발현량이 많다는 의임
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답변
김상태님의 답변
2011-12-30- 0
첨부파일
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PCR을 처음 배우는 학생입니다
연골세포를 PCR을 돌려 실험을 해본결과 CT 값을 기반으로 fold change 값을 구했습니다
GAPDH갑을 고려하여 Fold Change = 2-Δ(ΔCT) 를 구했는데
collagen type I은 0.3
collagen type III은 0.0004 가나왔습니다
이것이 무엇을 의미하는지 알고 싶습니다
passage가 증가할수록 collagen type I은 증가하고 collagen type II는감소한다고 알고있는데
값이 갖는의미를 정확하게 알고싶습니다
-이것은 대조군인 gapdh을 1로 보아서 0.3배이고 0.0004배라는 의미로 패세이지가 증가하면 증가된다면 발현량이 증가되는 의이며 특히 C-i이 c-iii보다 발현량이 많다는 의임
