2012-11-02
org.kosen.entty.User@75eec43d
정득규(saenamoo)
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현재 Taqman을 이용한 genotyping 분석을 하고 있습니다.
헌데 문제가 생긴 SNP 가 2종류입니다.
1개는 표준주형은 정확히 allele을 분석하여 주는데 gDNA 분석에서는 모두 hetero라고 분석이 됩니다.
나머지 1개는 표준주형과 gDNA 모두 hetero 분석만 합니다.
사실 taqman genotyping의 경우 바꿀 수 있는 조건이 많지 않기 때문에 참으로 난감합니다.
template의 농도도 1ng/ul~5ng/ul까지 해보았고, annealing 온도도 60~63, 시간도 30초~90초까지 다양하게 시도해보았습니다. 그리고 ramp rate도 기본이 2.2초 정도라면 1.6초, 1.0초까지도 해보았지만 결과에는 큰 차이는 없습니다.
AB사 taqman과 LNA taqman 모두 둘다 똑같은 양상입니다.
이로 보아 SNP 자체에 특이성 문제 같기는 한데....
혹시나 이런 문제를 해결해보신 연구자분이 계시거나 더 시도할 trouble shoot 가 있다면 도움 부탁드립니다.
포기할 수 있는 target도 아니고 해서...더욱 난감합니다.
- Taqman
- genotyping
- Trouble shoot
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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