2012-11-28
org.kosen.entty.User@26f904f6
유환민(0206yhm)
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SELEX 기술중에 첫단계가
random한 DNA/RNA sequence를 만드는것인데요
-starting random ssDNA library
fixed sequencd (18~20)*************fixed sequencd (18~20)
***↓↓**********************************↓↓***
<&&&&&&&&&------------------------&&&&&&&&&>
*********************↑↑********************
******************rnadomized sequence
1. 여기서 rnadomized sequence를 어떻게 만드는지 알고싶습니다.
dNTP를 첨가해서 만드는 방법이 있나요?
2. 그리고 fixed sequence와 rnadomized sequence를 어떻게 붙이는지 알고싶습니다.
- library
- selex
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답변 1
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답변
성기문님의 답변
2012-12-07- 3
말씀하신 SELEX에 해당되는지는 제가 잘 몰라서 답변드릴 수는 없지만, randomized oligonucleotide library 제작에 대해선 약간의 정보를 드릴 수 있겠네요. 올리신 서열 그림을 제가 잘 이해가 가질 않아서 그림에 대해서 설명드리긴 쉽지않겠구요. 일단 randomized seq를 위해서는 합성할때 넣는 dNTP의 비율을 조절해서 넣으면 가능합니다. 특히 이러한 조절 비율에 따라서 예상할 수 있는 비율로 product가 나오는데 대개 poisson distribution에 의해 나오게 됩니다. 즉, 25%로 동등하게 넣으면 site에 따라서 조합별로 나오기 때문에 library가 형성되구요. 4가지 dNTP의 비율을 조절해서 특정 dNTP의 함유율이 높게도 가능합니다. 그러나 문제는 한 사이트가 아닌 여러사이트에 이렇게 할 경우 even한 library를 얻기에 힘들것입니다. 그래서 특정 한 사이트만 치환시키는 library를 제작에 사용합니다. 말로 간략히 설명하다보니 이해가 쉽지 않으실 거 같은데요. 올리고 제작을 해 주는 합성회사 학술팀과 의논해 보시면 좀 더 쉽게 접근하실 수 있을 거 같구요.... fixed seq와 randomized seq 사이의 접합은 palindromic seq.를 이용하는 것인데 예를 들면 restriction enzyme seq. (Pst I & Xho I) 같은 경우 서로 결합이 가능합니다. 이 두사이트를 원하는 위치에 넣은 oligo를 제작한 후 denaturing 시켰다가 천천히 온도를 낮추어 hybridization시킨후 증폭시키면 가능합니다. 꼭 원하시는 게 맞는지는 모르겠으나 참고가 될만 한 논문을 알려드립니다. Journal of Microbiological Methods 69 (2007) 442?450 도움이 되셨기를....^^