2013-04-07
org.kosen.entty.User@3a75031f
유환민(0206yhm)
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전 학부생인데... 논문을 보면서 공부하던중에 degradation assay라는것이 나오는데
제목그대로 degradation assay가 정확히 무엇인지 궁금합니다.
125I-IGFBP-3 (iodine 125를 가지고있는 IGFBP-3)
논문내용중 일부발취
The presence of a specific IGFBP-3 protease activity in serum was further quantitated by the 125I-IGFBP-3 degradation assay
Representative analysis of in vitro IGFBP-3 protease activity in serum from patients with colorectal adenocarcinoma determined by 125I-IGFBP-3 degradation assay.
degradation assay에 대해서 아시는것이 있으면 간단하게 정의라도 알려주시면 감사하겟습니다..
구글링을 해보아도.. 나오지 않네요..degradation assay가 어떤 실험방법인지...
논문도 같이 올려요..
- degradation assay
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답변 1
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답변
배기현님의 답변
2013-04-08- 4
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안녕하세요 간단하게 125I-IGFBP-3 degradation assay란 IGFBP-3가 환자 혈청(serum)에서 분해되는 양상을 분석하는 방법입니다. 첨부해주신 논문의 461 페이지의 "IGFBP-3 protease assay"라는 단락에 해당 실험 방법이 자세히 기록되어있습니다. 여기에 Lamson 등의 1991년 논문에 있는 방법대로 IGFBP-3 protease activity를 수행하였다고 적혀있네요. 논문: LAMSON, G., GIUDICE, L.C. and ROSENFELD, R.G., A simple assay for proteolysis of IGFBP-3. J. clin. Endocrinol. Metab.,72, 1391-1393 (1991) 저자들은 insulin-like growth factor-binding protein-3 (IGFBP-3)가 혈액에서 분해되는 양상을 분석하고 싶었는데요, 이는 IGFBP-3의 분해가 대장암 환자들에게서 나타나는 '전이로 인한 암의 재발'과 관련이 있다고 생각했기 때문입니다. 그래서 Figure 2에 나온 것처럼 두 가지 방법으로 분석을 합니다. 첫번째, 환자의 혈청을 채취해서 IGFBP-3가 멀쩡한지 아니면 분해가 되는지 일반적인 western blot을 하여 분석합니다. 결과는 Figure 2a에 나와있지요. 두번째, 채취한 혈청에 IGFBP-3를 분해시킬 수 있는 "IGFBP-3 protease" 효소가 있는지 없는지 확인해봅니다. 이것이 바로 125I-IGFBP-3 degradation assay입니다. 실험을 위해서 recombinant non-glycosylated 125I-IGFBP-3를 이용합니다. 이 단백질은 보통의 IGFBP-3와 다르게 glycosylation되어 있지 않기 때문에 IGFBP-3(39-42 kDa)보다 작은 분자량(30 kDa)을 갖습니다. 또한 iodine 125를 가지고 있어서 단백질 분해 양상을 autoradiography를 통해 확인할 수 있지요. 실험은 상기의 재조합 단백질을 환자로부터 채취한 혈청과 섞고 나서 37°C에서 반응을 시킨 후에 SDS-PAGE를 합니다. (이때 단백질 고유의 분자량을 확인하기 위하여 환원제가 들어가지 않는 non-reducing condition을 사용합니다.) 만약에 환자 혈청에 IGFBP-3 protease가 있다면 30-kDa IGFBP-3가 분해되어 더 작은 분자량의 분해산물을 만들게 되므로, 혈청 내에 IGFBP-3 protease 효소가 있는지 없는지 확인할 수 있는 것입니다. 참고로 Figure 2b에 나온 것처럼 15 또는 21 kDa의 분자량을 갖는 분해산물이 생성되었네요. 도움이 되었으면 좋겠네요.
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