2013-06-23
org.kosen.entty.User@e0e3cc1
강주혜(cube)
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분자 길이의 측정방법에 대해 문의드립니다~
제가 두 화합물을 연결하는 합성실험을 진행하려고 하는데요.
그 둘 사이에 연결할 linker의 길이를 정해야하는데, 대충이라도 예상할 수 있다면 실험설계에 도움이 될 것 같습니다.
첨부한 구조에서 n의 값이 각각 1부터 6까지인 구조들의 길이를 구하고 싶은데요,
(아니면 Ts를 제외한 부분의 길이 - 어차피 연결하면 Ts은 떨어질테니까요, ethylene glycol 부분(PEG sidechain)만 사용할 예정입니다.)
ethylene glycol의 원자간 각각의 결합길이, 결합각을 알고있습니다. 제가 원하는것은 결합했을때의 총 길이입니다.
구할 수 있는 공식이나 소프트웨어, 혹은 이 구조를 가진 화합물의 길이(x-ray관련된자료라면 길이도나와있지않을까요?)의 참고자료 등 뭐든 좋습니다. 힌트가 될 만한게 있다면 알려주시면 정말 감사하겠습니다!
- 길이
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
조윤환님의 답변
2013-06-24- 0
반갑습니다. linker의 길이에 대한 어림짐작을 위한 목적이라면 평균적인 결합길이를 사용해서 계산하면 되겠습니다. 화학교과서(보통 일반화학이나 물리화학)에도 나와 있는 내용입니다. 찾기 쉬울 겁니다. 유기탄소화합물의 경우 단일결합, 이중결합, 삼중결합 등에 대한 평균적인 결합길이가 잘 나와 있습니다. 탄소화합물이 결합을 형성할 때 이루는 결합각 등을 잘 활용하면 어느 정도는 예측이 가능할거라고 생각합니다. 다만 문제는 conformation에 의한 편차는 알기 어렵다는 겁니다. 단순히 쭉 펼쳐 놨을 때의 거리만 계산 가능하겠죠.