지식나눔

kinase 저해제 type 유형 질문 입니다.

Kinase 는  크게 type1, type2 저해제로 나뉘는데  이는 저해제가 ATP 바인딩 부분에 결합하고 DFG-in 부분이면 type1, DFG-out 이면 type2 라고 하던데요. 그럼 이렇게 DFG-in 인지 out인지는 어떻게 알 수 있는지 궁금합니다. 결국 크리스탈 구조를 만들어 봐야만 알 수 있는건지. 아니면 다른 방법이 있는 건지요?
  • kinase
  • DFG
  • ATP binding
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답변 1
  • 답변

    이배훈님의 답변

    X-ray 결정: 분자량이 큰 단백질로 부터 얻은 결정을 통해 해상도가 좋은 삼차원 구조얻음 (최상의 기술)

     

                       DFG(Asp-Phe-Gly)-in 과 out 도 x-ray 결정을통해 결정함.

    NRM: 단백질 분자량이 작아  결정을 얻을 수 없는 경우에 NMR로 예측함. 
             단백질의 수용액상에서의 다른 종류의  kinase 저해제와의 동력학적 분석이 가능한 장점( x-ray 결정 보완),  용액상에서 active moeity 형상의 flexibility(유연성) 관측에 용이

     


    분자 모델링: 아미노산 서열을 이용 유사한 아미노산 서열을 갖는 단백질은 유사한 삼차원 구조를 갖는 다는 가정하(삼차원 상에서 낮은 자유에너지를 갖는 모형을 갖는 다는 가정하)에서 예측가능하나: 신뢰도가 낮음

    기타 SAXS와 CryoTEM: 단백질 전체 모양만 제공 (DFG-in or out 결정에 유용치 못함)

     


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    X-ray 결정: 분자량이 큰 단백질로 부터 얻은 결정을 통해 해상도가 좋은 삼차원 구조얻음 (최상의 기술)

     

                       DFG(Asp-Phe-Gly)-in 과 out 도 x-ray 결정을통해 결정함.

    NRM: 단백질 분자량이 작아  결정을 얻을 수 없는 경우에 NMR로 예측함. 
             단백질의 수용액상에서의 다른 종류의  kinase 저해제와의 동력학적 분석이 가능한 장점( x-ray 결정 보완),  용액상에서 active moeity 형상의 flexibility(유연성) 관측에 용이

     


    분자 모델링: 아미노산 서열을 이용 유사한 아미노산 서열을 갖는 단백질은 유사한 삼차원 구조를 갖는 다는 가정하(삼차원 상에서 낮은 자유에너지를 갖는 모형을 갖는 다는 가정하)에서 예측가능하나: 신뢰도가 낮음

    기타 SAXS와 CryoTEM: 단백질 전체 모양만 제공 (DFG-in or out 결정에 유용치 못함)

     


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