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지식나눔

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DNA sequencing에 문제가 생겼습니다.

2014-05-22 org.kosen.entty.User@55112bc5 김주혁(kjh5703)
  • 2
현재 특정 DNA의 sequence의 gap을 파악하기 위해 sequencing을 하는데

Primer를 제작해서 sequencing을 해도 제대로 되지 않습니다.

알고 있는 sequence자체가 잘못된 것은 아니며, gap에서 바깥으로 2,3,kb 정도부터

sequencing이 안됩니다. GC-rich, repeated sequence문제인것으로 추측되는데

DNA에 DMSO등을 섞어보고 primer를 다양하게 제작해봐도 안됩니다.

좋은 방법없을까요??
  • dna
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답변 2
  • 답변

    황규찬님의 답변

    2014-05-26
    • 0
    2차구조에 의한 것으로 생각되며,  짧게 subcloning해서 읽어보세요. 아니면 긴 PCR product를 제한효소를 짧게 단편들 만든 후 겔에서 정제하든지 하여 subcloning한후 읽어 보세요.
    답변수정
    2차구조에 의한 것으로 생각되며,  짧게 subcloning해서 읽어보세요. 아니면 긴 PCR product를 제한효소를 짧게 단편들 만든 후 겔에서 정제하든지 하여 subcloning한후 읽어 보세요.
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    표종옥님의 답변

    2014-05-27
    • 0
    GC-rich 라면 secondary structure 때문인걸로..DMSO로 denature 시켜 보셨다면..cyclling condition을 조절해 보실 필요가 있지 싶습니다. elongation 온도를 얼마로 하셨을까요..
    답변수정
    GC-rich 라면 secondary structure 때문인걸로..DMSO로 denature 시켜 보셨다면..cyclling condition을 조절해 보실 필요가 있지 싶습니다. elongation 온도를 얼마로 하셨을까요..
    김주혁(kjh5703) 2014-07-17

    일반 taq으로 72도로 돌리는데 문제있나요? 특정 sequence만 sequencing이 안되는데 condition을 어떻게 바꾸는게 좋을까요??

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