2014-05-30
org.kosen.entty.User@2a2f8708
김주혁(kjh5703)
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현재 7kb가량의 DNA를 PCR로 얻어낸 후 sequencing을 진행하는데
여기서 양쪽 말단에서 3kb까지는 아는 sequence이며 가운데 1kb만이 알고 싶은
sequence입니다.
그런데 말단에서 어느 정도 sequencing을 진행하다 보면 primer가 안 붙습니다.
(이 부분은 PCR도 안됩니다. 그래서 7kb나 되는 큰 PCR을 떴지요.)
sequence는 정확한데 말이지요. (Non-specific sequence만 나타납니다.)
혹시 DNA가 7kb의 짧은 길이라도 2차 구조가 만들어지나요??
대체 원인이 뭘까요? 해결방안이 있을까요??
여기서 양쪽 말단에서 3kb까지는 아는 sequence이며 가운데 1kb만이 알고 싶은
sequence입니다.
그런데 말단에서 어느 정도 sequencing을 진행하다 보면 primer가 안 붙습니다.
(이 부분은 PCR도 안됩니다. 그래서 7kb나 되는 큰 PCR을 떴지요.)
sequence는 정확한데 말이지요. (Non-specific sequence만 나타납니다.)
혹시 DNA가 7kb의 짧은 길이라도 2차 구조가 만들어지나요??
대체 원인이 뭘까요? 해결방안이 있을까요??
- sequencing
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답변 2
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답변
황규찬님의 답변
2014-06-02- 0
~sequencing와 PCR이 되지 않는 경우는 여러가지 이유가 있습니다.
알고 있는 서열을 활용하여 restriction enzyme mapping을 하신후, 모르는 1kb가 포함된 fragment을 subclone하여 sequencing하는 경우가 있음.
- 아마도 반복되는 서열들이 존재할 수 있으므로 알고 있는 서열에서 이러한 부분을 배재시킬 수 있음.
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답변
하태규님의 답변
2014-06-02- 0
7kb 사이즈라면 당연히 이차구조가 형성되기 쉬울 것 같습니다. 또 CpG methylation이 되어 있는 경우 등 시퀀싱이 안되는 경우도 종종 있습니다.
알고싶은 부위가 안쪽의 1kb라면 1kb 안쪽에서 primer를 잡아서 squencing 하던가 아니면 1kb 가장자리 적당한 위치에 primer를 잡아서 sequencing 하면 sequence를 충분히 알 수 있을 것 같네요.