2014-08-07
org.kosen.entty.User@365e1ea3
김혜은(hyessi)
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mouse의 bonemarrow cell을 뽑아서 in vitro에서 3일정도 배양하여 분화한 다음,
이 Cell을 Sroting하여 RNA추출후 Microarray를 하려고 합니다.
그런데 매번 RNA를 Qiagen의 RNeasy kit로 추출하면 심하게 분해가 됩니다.
동일한 키트로 다른 cell line의 RNA는 매우 깨끗하게 추출이 되므로 kit의 문제는 아닌것 같습니다.
Cell의 viability가 문제인가 싶어서 세포의 상태를 다시 확인해 보았는데 다시 잘 자라고,
Annexin V로 확인해도 cell apoptosis는 아닙니다.
RNase에 의한 오염도 우려해서 그에 대한 예방조치도 왠만큼은 했는데
무엇이 문제인지 모르겠어요.
혹시 이런 문제로 고생하셨다가 해결하신 분 있으시면 tip을 좀 나눠주시면 감사드리겠습니다.
이 Cell을 Sroting하여 RNA추출후 Microarray를 하려고 합니다.
그런데 매번 RNA를 Qiagen의 RNeasy kit로 추출하면 심하게 분해가 됩니다.
동일한 키트로 다른 cell line의 RNA는 매우 깨끗하게 추출이 되므로 kit의 문제는 아닌것 같습니다.
Cell의 viability가 문제인가 싶어서 세포의 상태를 다시 확인해 보았는데 다시 잘 자라고,
Annexin V로 확인해도 cell apoptosis는 아닙니다.
RNase에 의한 오염도 우려해서 그에 대한 예방조치도 왠만큼은 했는데
무엇이 문제인지 모르겠어요.
혹시 이런 문제로 고생하셨다가 해결하신 분 있으시면 tip을 좀 나눠주시면 감사드리겠습니다.
- RNA
- degradation
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
답변 1
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답변
정승호님의 답변
2014-08-08- 2
위의 글을 읽어보니 RNase가 특이하게 activation되어 RNA degradation이 발생했다라는 가정할 수도 있을 것 같습니다.
이런 경우에는 bone marrow cells을 특정 cells을 sorting한 직후에 RNAlater solution을 사용해서 RNase inactivation을 시킨 후에 추출하는 것도 한 방법이라 생각합니다.
예를 들어, 제가 kit를 써서 RNA 추출시에는, bone marrow cells에서 특정 cells을 sorting한 직후에 RNAlater를 cell amount에 맞춰 적정량을 넣고 votex를 이용해 잘 혼합한 후 4C에서 overnight한 후 다음날 오전에 추출을 많이 하는데 전혀 문제가 없습니다.
?해결책이 되었길 바랍니다.