2014-12-03
org.kosen.entty.User@146782e4
김주혁(kjh5703)
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제가 6kb정도 되는 DNA를 gel extraction 방식으로 purification을 하기 위해
0.6%의 gel을 제조해서 gel running을 했습니다. 그런데 제목에 적힌 대로
XC는 전체 gel의 3/4 정도 밖에 안 내려갔는데 DNA는 marker 기준 10kb까지 다
빠졌습니다. (gel 맨 밑바닥에 형광이 관찰되더군요....)
이런 현상을 최대한 막기 위해 어떤 수단을 써야 할까요??
처음 겪는일이라 당황스러워 적어봅니다.
0.6%의 gel을 제조해서 gel running을 했습니다. 그런데 제목에 적힌 대로
XC는 전체 gel의 3/4 정도 밖에 안 내려갔는데 DNA는 marker 기준 10kb까지 다
빠졌습니다. (gel 맨 밑바닥에 형광이 관찰되더군요....)
이런 현상을 최대한 막기 위해 어떤 수단을 써야 할까요??
처음 겪는일이라 당황스러워 적어봅니다.
- gel electrophoresis
- DNA
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답변 3
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답변
김성훈님의 답변
2014-12-05- 1
써주신 내용으로 봤을때..
로딩한 샘플이 문제거나 샘플 로딩 버퍼가 문제있는 것 같습니다.
DNA 샘플을 다른 로딩버퍼와 섞어서 로딩해보시거나..
가지고 계신 샘플에 Gel extraction solution (6M NaI, sodium iodine)을 넣어서 정제를 하신 뒤에
gel running을 다시 해보고 결과를 말씀해 주시면 도움이 될 것 같네요.
분리 하시려고 하는 DNA 샘플에 charge를 띄게 하는 chemical이 들어있어서
gel running 시 예상 크기 보다 빨리 running 된 거라 밖에는 설명할 수 밖에 없기에 드리는
코멘트 입니다. 도움 되셨길...
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답변
김상태님의 답변
2014-12-07- 1
원래 x/c의 밴드보다 위에 있어야 하는데 시료추출시 어떤 상태인지 DNA plasmid분리 키트사용하신건지 일반 메뉴얼대로 했는지 dna추출 용액이 뭔지 알려 주세요 혹 cloning하면서 ligation수행하지 않았나요 그리고 젤 %가 왜 그 농도에서 하는지 좀 더 높은농도에서 해야 (사이즈가 큰경우 하는데)
insert 와 구분하기 위해서 일부러 그렇터라도 농도가 낮으면 일반적으로 x/c밴도에 비해 dna가 빨리 내려 가는데 그의 rna수준처럼 내려 가는양상인것 같네요 실험 전반에 대해 알려주세요 -
답변
황규찬님의 답변
2015-07-29- 1
6kb정도 되는 DNA를 gel extraction 방식으로 purification을 하기 위해
0.6%의 gel을 제조해서 gel running하고자 한다면,
1) sample(DNA, RNA 등)의 상태(pH, 농도, 양 등)에 따라 전기영동시 dye와 일치하지 않을 수 있습니다.
2) 6kb를 gel extraction하고자 한다면 다른 유사한 unspecific band가 없다면 1% gel에서 하는것도 괜찮습니다.
3) 최종적으로 eluted PCR product는 다시 전기영동하여 확인하시고 진행하시면 좋겠네요