2015-03-02
org.kosen.entty.User@c1d31b4
배소현(baesohyun)
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Southern blot 실험 해보신 분들의 자문을 구합니다.
1. Agarose gel 에 DNA loading 해서 electrophoresis 한 후 transfer 할 때 어떤 방법이 효과적인가요?
Capillary transfer 방법은 시간이 너무 많이 걸리고 번거로워서 피하고 싶고...
Semi-dry transfer kit을 사용하면 괜찮을까요?
2. DNA를 agarose gel 이 아니라 acrylamide gel 에 electrophoresis 하고 transfer 해도 될까요?
1. Agarose gel 에 DNA loading 해서 electrophoresis 한 후 transfer 할 때 어떤 방법이 효과적인가요?
Capillary transfer 방법은 시간이 너무 많이 걸리고 번거로워서 피하고 싶고...
Semi-dry transfer kit을 사용하면 괜찮을까요?
2. DNA를 agarose gel 이 아니라 acrylamide gel 에 electrophoresis 하고 transfer 해도 될까요?
- DNA gel electrophoresis
- Agarose
- transfer
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 5
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답변
장성재님의 답변
2015-03-02- 2
1, capillary법이나 semi-dry법이나 결과에 큰 차이는 없습니다. 숙련도와 경험의 차이일 뿐.
처음 셋팅을 하시는 것이라면 어떤 방법을 사용하셔도 무방합니다.
2. agarose 혹은 acrylamide gel를 결정하는 중요 인자는 DNA의 size입니다. 주로 agarose를 사용하죠. -
답변
김동현님의 답변
2015-03-03- 2
첨부파일
어떤 gel을 사용하느냐는 DNA 크기에 따라 다릅니다. 만약 분석하시는 DNA의 fragment가 크다면 주로 agarose gel을 사용하고 만약 분석하시는 물질이 더 짧은 핵산들이라면 polyacrylamide gel을 고려해보실 수 있습니다.
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답변
심우영님의 답변
2015-03-10- 1
1. 개인적으로 Semi-dry transfer kit을 권해드립니다. capillary에 비해 방법이 간단하고 시간이 절약됩니다. 셋팅 중이시다면 과정을 덜 복잡하게 하는게 에러를 줄일 수 있겠죠.
2. agarose, acrylamide 둘다 상관없지만 크기가 작다면 acrylamide 사용이 더 정확한 결과를 보죠. 대체로 DNA 크기가 크다면 agarose 추천. -
답변
김제현님의 답변
2015-03-12- 1
비슷한 답변이긴 하나 참고하세요.
1) Southern blot은 이제 좀 고전적인 방법이 되었습니다. 다른 방법은 vacuum chamber를 사용하여 transfer하는 방법도 있습니다. 무슨 실험인지 모르지만 PCR를 이용하여 detection할 수 있고 Q-PCR로 정량 할수 있습니다.
2) 역시 size 에 따라 다르지만 agarose 가 편합니다. 작은 size라도 높은 농도의 agarose를 사용할 수 있습니다.
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답변
황규찬님의 답변
2015-07-29- 1
~원하는 결과를 얻기 위해서 체크해야 할 사항들
1) gDNA를 제한효소를 절단하였을 때 완전히 제한되었는지를 확인
- 순도/농도가 모두 높은 gDNA를 얻고 높은 Unit의 제한효소 선택
- 일반적이 제한효소 선택
- 완전히 digestion되어야 signal이 한곳으로 모이기 때문에 매우 중요
- gDNA 양을 높일 필요 (30ug 전후)
2) Membrane tranfer가 잘 되었는지 확인
- 대부분 membrane tranfer가 되었는지 gel를 staining하여 확인
- 적합한 membrane를 사용하는지 혹은 UV 혹은 baking으로 고정할 필요는 없는지 확인
3) 프로브는 적당한 size로 만들었는지 혹은 reaction는 잘 되었는지 확인
4) washing buffer 조성, 시간, 온도, 횟수는 적당한지 확인
등등 확인할 필요가 있습니다. 서던은 쉽지 않으나 조건을 잡으면 그 다음부터는 쉽습니다.