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지식나눔

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PCR 수행시, single stranded DNA(ssDNA)가 생기는 원인이 뭐가 있을까요?

2016-02-04 org.kosen.entty.User@653dbb3 김주혁(kjh5703)
  • 3
순수하게 모르기에 여쭤봅니다. primer가 한쪽만 붙을 시, 이외에 뭐가 있을까요?
  • PCR
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답변 3
  • 답변

    황규찬님의 답변

    2016-02-05
    • 2
    PCR 수행시, single stranded DNA(ssDNA)가 생기는 원인은 몇가지 있을 수 있습니다.

    1) 그 중에 primer가 한쪽만 붙을 시, gel 상에서 확인하기가 어렵습니다. 왜냐하면, cycle에 따라 한쪽 방향으로만 진행하기 때문에  cycle 수에 비례하고 사이즈도 제각기 이기 때문입니다.

    2) 다른 원인으로는 gDNA의 상태가 좋지 않을 경우 (degradation이 심할 경우) 짧은 단편들이 PCR의 denaturation 단계에 dsDNA가 ssDNA로 나누어져 마치 프라이머처럼 역할을 할 수 있습니다.
    그러므로 template 상태와 specific primer design이 매우 중요합니다.

     
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    PCR 수행시, single stranded DNA(ssDNA)가 생기는 원인은 몇가지 있을 수 있습니다.

    1) 그 중에 primer가 한쪽만 붙을 시, gel 상에서 확인하기가 어렵습니다. 왜냐하면, cycle에 따라 한쪽 방향으로만 진행하기 때문에  cycle 수에 비례하고 사이즈도 제각기 이기 때문입니다.

    2) 다른 원인으로는 gDNA의 상태가 좋지 않을 경우 (degradation이 심할 경우) 짧은 단편들이 PCR의 denaturation 단계에 dsDNA가 ssDNA로 나누어져 마치 프라이머처럼 역할을 할 수 있습니다.
    그러므로 template 상태와 specific primer design이 매우 중요합니다.

     
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    황규찬님의 답변

    2016-02-05
    • 2

    첨부파일

    덧붙어 template가 gDNA가 아니더라도 상태가 좋지 않을 경우 혹은 RT로 cDNA를 template로 사용한다면 total RNA 모두가 원인이 될 수 있으므로 RT후에는 RNase처리가 필요합니다.
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    덧붙어 template가 gDNA가 아니더라도 상태가 좋지 않을 경우 혹은 RT로 cDNA를 template로 사용한다면 total RNA 모두가 원인이 될 수 있으므로 RT후에는 RNase처리가 필요합니다.
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    김제현님의 답변

    2016-02-06
    • 2
    일단 PCR 결과로 생기는 ssDNA는 많이 증폭이 되지 않기 때문에  gel 상에서 확인이 어렵습니다.  PCR후에 smear 하게 보이는것은 Template의 양이 너무 많거나 깨끗하지 않을 경우 발생합니다. primer design 이 확실하고 template가 비교적 깨끗하면 좋은 결과를 가질 수 있습니다.
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    일단 PCR 결과로 생기는 ssDNA는 많이 증폭이 되지 않기 때문에  gel 상에서 확인이 어렵습니다.  PCR후에 smear 하게 보이는것은 Template의 양이 너무 많거나 깨끗하지 않을 경우 발생합니다. primer design 이 확실하고 template가 비교적 깨끗하면 좋은 결과를 가질 수 있습니다.
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