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지식나눔

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ssDNA와 dsDNA가 섞여있는 sample에서 어떻게 정확히 두가지 DNA농도를 정량할까요?

2016-02-09 org.kosen.entty.User@724a4ec 김주혁(kjh5703)
  • 2
궁금해서 여쭤봅니다. 예를 들어 bioanalyzer dsDNA chip의 경우 dsDNA만 검출하나요?


알려주시면 감사하겠습니다.
  • dna
  • 정량
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답변 2
  • 답변

    김상태님의 답변

    2016-02-12
    • 1
    Agarose gel은 해상도가 좋지 않기 때문에 5% 정도의 polyacrylamdie gel (TBE buffer)을 이용해 전기영동을 하신 후 염색을 하시면 dsDNA와 ssDNA의 이동도가 다르게 나타나기 때문에 정량적 분석을 하실 수 있을 겁니다. ssDNA가 dsDNA보다 늦게 달립니다. 하지만 정확한 분석을 위해서는 isotope을 이용하시거나 또는 southern blot hybridization을 이용하시는 것이 단순히 EtBr로 염색하는 것보다는 좋습니다double strand DNA의 경우 시료의 측정값 OD260 = 1 로 측정되면 50 ug/ml 의 농도로 존재하고 있다고 판단하면 됩니다. 만일 OD260 = 0.5 라고 측정되면 25 ug/ml 의 농도로 존재하고 있는 것이 됩니다
    ss과 ds를 비교시 ds가 ss의 두배로 생각합면 되죠
    답변수정
    Agarose gel은 해상도가 좋지 않기 때문에 5% 정도의 polyacrylamdie gel (TBE buffer)을 이용해 전기영동을 하신 후 염색을 하시면 dsDNA와 ssDNA의 이동도가 다르게 나타나기 때문에 정량적 분석을 하실 수 있을 겁니다. ssDNA가 dsDNA보다 늦게 달립니다. 하지만 정확한 분석을 위해서는 isotope을 이용하시거나 또는 southern blot hybridization을 이용하시는 것이 단순히 EtBr로 염색하는 것보다는 좋습니다double strand DNA의 경우 시료의 측정값 OD260 = 1 로 측정되면 50 ug/ml 의 농도로 존재하고 있다고 판단하면 됩니다. 만일 OD260 = 0.5 라고 측정되면 25 ug/ml 의 농도로 존재하고 있는 것이 됩니다
    ss과 ds를 비교시 ds가 ss의 두배로 생각합면 되죠
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    김용규님의 답변

    2016-02-12
    • 1

    첨부파일

     DNA 정량에 OD가 많이 사용되고 있지만 정확도가 그리 높지 않고, 그래서 NGS를 비롯해 정확한 정량이 필요한 경우 거의 모두 fluorescent dye를 사용하고 있습니다. 시중에 dsDNA와 ssDNA를 특이적으로 정량하는 제품이 나와있으니 Qubit® ssDNA / dsDNA Assay Kit 또는 QuantiFluor ssDNA / dsDNA system을 찾아보길 추천합니다. 

    답변수정

     DNA 정량에 OD가 많이 사용되고 있지만 정확도가 그리 높지 않고, 그래서 NGS를 비롯해 정확한 정량이 필요한 경우 거의 모두 fluorescent dye를 사용하고 있습니다. 시중에 dsDNA와 ssDNA를 특이적으로 정량하는 제품이 나와있으니 Qubit® ssDNA / dsDNA Assay Kit 또는 QuantiFluor ssDNA / dsDNA system을 찾아보길 추천합니다. 

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