2016-09-12
org.kosen.entty.User@34a27400
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mouse에서 PC4(positive coactivator 4) 라는 gene에 NLS(Nuclear localization signal)있는지 없는지 알수 있나요??
구글링 했을때는 PKKKRKV가 NLS sequence라고 나와있는데 꼭 이sequence여야만 하는지(이 sequence가 Pc4 sequence에 없었어요), 아니면 다른 sequence라도 핵 내로 들어가게 하는 sequence가 될순 없는지 알고 싶습니다 ㅠㅠ
구글링 했을때는 PKKKRKV가 NLS sequence라고 나와있는데 꼭 이sequence여야만 하는지(이 sequence가 Pc4 sequence에 없었어요), 아니면 다른 sequence라도 핵 내로 들어가게 하는 sequence가 될순 없는지 알고 싶습니다 ㅠㅠ
- NLS
- PC4
- nuclear protein
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답변 3
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답변
장성재님의 답변
2016-09-12- 1
PKKKRKV는 최초로 발견된 SV40 Large T-antigen의 NLS입니다. 분류상 전형적인 monopartite NLS 입니다.
Nucleoplasmin은 KR[PAATKKAGQA]KKKK의 ubiquitous bipartite signal을 가지고 있습니다.
Chelsky 등은 monopartite NLS의 consensus sequence가 K-K/R-X-K/R라고 보고한 바 있습니다.
위에서 언급한 것 이외에도 아래와 같은 비전형적인 NLS도 알려져 있고, 물론 다른 시퀀스도 NLS일 수 있습니다.
효모에서 전사인자 억제자인 Matα2의 KIPIK 시퀀스 및 Importin β2과 결합하는 PY-NLS motif더 알려져 있습니다.
주로 NLS는 핵으로 이동하기 위해서 karyopherin들과 결합해야 하기 때문에 상기와 같은 특이적인 아미노산 서열을 보일 필요는 있지만 karyopherin-independent한 단백질도 있을 수 있으니, 아직까지 보고가 없던 새로운 아미노산 서열이 나올 수도 있겠지요.
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이상열님의 답변
2016-09-13- 1
말씀하신 것처럼 PC4에는 NLS가 없는 것으로 보이네요...그리고 NLS는 언급한 것과 유사한 것도 알려져 있으나 그마저도 PC4에는 없네요...따라서, 새로운 것이 밝혀지지 않는 이상 PC4에는 NLS 없다고 보시는 것이 나을 것입니다. 만약 필요하다면 NLS가 있는 Plasmid를 사용하시면 되실 것입니다. -
답변
오요한님의 답변
2016-11-01- 1
말씀하신 단백질에 non-canonical NLS가 존재할 수 있습니다.
제가 예전에 연구하던 단백질도 핵단백질이었는데 consensus NLS가 없었습니다.
하지만 다양한 deletion mutants를 만들어 실험하던 중 우연히 특정 ~10aa가 NLS기능을 한다는 것을 밝혔습니다.
찾아보시면 그런 non-canonical NLS를 발견하고 실험한 논문들이 많이 검색되실 것입니다.
감사합니다.