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지식나눔

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protein에 NES sequence가 있는지 확인하는 방법

2016-10-12 org.kosen.entty.User@197b91d
  • 2
Pc4 (sub1)이라고 nuclear protein이라고 알려진 단백질이 있습니다
이 단백질에 핵 밖인 세포질로 나올 수 있는 (export)될수 있는 NES sequence가 있는지 궁금합니다 확인하는 방법이 있을까요
또한  protein이 핵에서 세포질로 export되는 방법이 NES sequence의 존재 유무 말고 다른 경로가 있는지도 궁금합니다.
  • protein
  • NES
  • exportin
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답변 2
  • 답변

    이상후님의 답변

    2016-10-17
    • 1
    해당 단백질의 아미노산 서열 구조를 알고 있고, RCSB protein data bank(PDB)에 등록되어 있는 단백질인지 확인해 보시는것이 먼저 필요합니다. 만약 등록되어 있고, NES 아미노산 서열구조를 알고 있다면 pdb에서 아미노산 서열 확인이 가능합니다.

    만약 pdb에 등록이 안되어 있다면, 아미노산 서열분석기를 통해 직접 확인해 보거나, 기존 다른 연구자들이 보고한 NES 서열 정보를 조사해서 유사성을 평가해 보시는 방법이 있을거 같습니다. 
    답변수정
    해당 단백질의 아미노산 서열 구조를 알고 있고, RCSB protein data bank(PDB)에 등록되어 있는 단백질인지 확인해 보시는것이 먼저 필요합니다. 만약 등록되어 있고, NES 아미노산 서열구조를 알고 있다면 pdb에서 아미노산 서열 확인이 가능합니다.

    만약 pdb에 등록이 안되어 있다면, 아미노산 서열분석기를 통해 직접 확인해 보거나, 기존 다른 연구자들이 보고한 NES 서열 정보를 조사해서 유사성을 평가해 보시는 방법이 있을거 같습니다. 
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    이상열님의 답변

    2016-10-18
    • 1
    참고로 아래 사이트에서도 확인해보시길 바랍니다.
    만약에 없다면 윗분 말씀처럼 직접 분석하시거나 논문이나 자료를 찾아보시는 수밖에 없는 것으로 보입니다. 

    http://www.cbs.dtu.dk/databases/NESbase/
    https://sourceforge.net/projects/nesmapper/
    http://prodata.swmed.edu/LocNES/LocNES.php
    답변수정
    참고로 아래 사이트에서도 확인해보시길 바랍니다.
    만약에 없다면 윗분 말씀처럼 직접 분석하시거나 논문이나 자료를 찾아보시는 수밖에 없는 것으로 보입니다. 

    http://www.cbs.dtu.dk/databases/NESbase/
    https://sourceforge.net/projects/nesmapper/
    http://prodata.swmed.edu/LocNES/LocNES.php
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