2016-11-01
org.kosen.entty.User@3c06ea7d
성은수(hugomale)
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NF-κB signaling을 WB으로 확인할 때 NF-κB complex는 cytosol/nuclear 2가지를 나누어서 protein extraction합니다. IκB kinase, IκBs 등은 cytosol에서 확인을 하고 NF-κB 는 nuclear에서 확인을 하는데요. 이때 P65 (RelA)의 normal form과 pP65 (activation form) 2가지를 굳이 nuclear부분에서 확인을 해야 하나요? P65 (nuclear)로 이동을 했다면 전사가 이루어 질것인데 말입니다. 제 생각은normal form은 cytosol에서 확인하고 activation form (pP65)은 nuclear에서 확인을 하는게 올바른 방법인가요? 그리고 이때 actin은 cytosol/nuclear 2개로 나누어서 정량화 해야할까요?
- NF-κB complex
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답변 2
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답변
이상열님의 답변
2016-11-01- 2
일단 실험을 하실때 control군과 treatment군이 존재할 것입니다. 그러면 이 두 그룹 사이에서 p65와 pp65의 차이를 보실려면 당연히 cytosol과 nucleus에서 모두 보셔야 할 것으로 보입니다. 그냥 control 혹은 treatement 둘 중 하나에서만 보신다면 선택의 여지가 조금이나마 있을 수 있습니다만 그게 아니면 두개 모두 두 부위에 보셔야 할 듯합니다. 또, control protein도 whole cell/cytoplasmic protein (Actin, tublin, GAPDH)과 nuclear protein (Lamin, Histone, TPP, PCNA)에서 하나씩 선택하셔서 사용하는 것이 데이타의 정확도에 좋습니다. -
답변
장성재님의 답변
2016-11-01- 1
실험의 목적 및 보여주고 싶은 부분에 따라서 결정하실 수 있습니다.
관련 논문을 검색해 보시면 아시겠지만, whole cell lysate를 이용하여 p65와 pp65를 확인한 논문도 있고 nuclear 부분을 따로 분리해서 분석한 논문도 있습니다.
일반적으로 핵에 대한 loading control은 beta-actin이 아닌 다른 구조 단백질인 lamin 또는 histone을 사용합니다.
좋은정보 감사합니다.