2017-02-16
org.kosen.entty.User@37ecd31b
임창임(milybud)
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말 그대로 두 가지의 장단점이 궁금합니다.
그리고 RNA-seq 의 경우에 A라는 유전자의 transcript variant 가 1, 2, 3 인데
대조군과 처리군의 발현 차이가 각각 다를 경우
예를 들어, v1은 -2배 감소
v2는 2배 증가
v3는 3배 증가
등으로 관찰 될 경우가 있나요?
있다면, 어떻게 해석해야 할까요?
또한 qRT-PCR로 재확인 하고자 할 경우
위와 같은 A 유전자를 유의미한 것으로 선별하여 검증할 필요가 있을까요?
그리고 RNA-seq 의 경우에 A라는 유전자의 transcript variant 가 1, 2, 3 인데
대조군과 처리군의 발현 차이가 각각 다를 경우
예를 들어, v1은 -2배 감소
v2는 2배 증가
v3는 3배 증가
등으로 관찰 될 경우가 있나요?
있다면, 어떻게 해석해야 할까요?
또한 qRT-PCR로 재확인 하고자 할 경우
위와 같은 A 유전자를 유의미한 것으로 선별하여 검증할 필요가 있을까요?
- microarray
- RNA-seq
- qRT-PCR
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답변 2
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답변
김상우님의 답변
2017-02-27- 1
Microarray는 종류가 무지 많습니다만 말씀하신 내용으로 보아 유전자 발현을 정량하는 array를 뜻하는 것 같습니다.
해서 Microarray는 특정 유전자가 붙을수 있는 펩타이드를 plate에 붙여서 발현을 측정하고자하는 샘플을 적용하였을때 해당 유전자가 있을 경우 발광하는 시스템을 이용한 것으로 단일 또는 두가지 이상의 색으로 표현이 됩니다. 즉 해당 유전자가 많으면 발광하는 양도 많아지지요.
그에반해 RNA-seq의 경우는 해당 RNA를 단편으로 잘라 앞쪽과 뒤쪽에 결합할수 있는 ligand를 달아서 sequencing 기계로 읽어들이는 것입니다.
transcript variant 의 발현 차이가 있을 수 있습니다. 즉 정상 조직과 특정암 조직에서 뽑은 RNA에서 유전자 variant가 차이가 난다면 특정암에 중요한 마커 또는 기능을 할 수 있다고 할수 있겠습니다. 그럼..조금이나마 궁금증이 해결되셨으면 좋겠네요... -
답변
박애리님의 답변
2017-04-05- 1
transcription varient는 말그대로 varient라서 일단 blast로 1,2,3에 대한 sequence를 align 해보시는 것이 좋을 것 같습니다. (세가지의 정확한 위치 차이를 보기위해서)
혹여, transcription data 중에 species 설정을 깜박하신 것일수도 있지 않을 까요
예를 들면 A라는 유전자를 호모 사피엔스에서 찾았는데
마우스 셀에서 prep한 RNA 혹은 DNA 로 하신 것일 수도...
그리고 세가지가 그래도 차이가 난다면 프라이머가 잘못 짠것이 아닌지
qPCR을 통해 meting 커브를 보셔야 할 것 같습니다.
non specific 하게 프라이머가 붙어서 결과가 정확하게 안나온 것일수도 ...