2017-11-18
org.kosen.entty.User@2a36d9db
김종현(bestkiss)
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금속유기분자를 합성하고 있습니다. 동시에 계산화학을 수행하려고 합니다.
저의 질문은 제가 만든 물질이 2+ 전하를 띄고 있고 Counter anion으로 2Cl-이 존재합니다.
Counter ion을 포함하지 않고 구조최적화를 시켰더니 잘 되었습니다. 이번에는 counter anion (2Cl-)를 포함해서 계산을 하고 싶은데, 어디에 위치를 시켜야 할지 막막해서 질문을 드립니다.
이런 경우 counter anion을 어디에 두고 계산을 해야 하나요? 랜덤하게 놓고 시작을 하면 될까요?
경험이 있으신 분들의 도움을 요청드립니다.
감사합니다.
저의 질문은 제가 만든 물질이 2+ 전하를 띄고 있고 Counter anion으로 2Cl-이 존재합니다.
Counter ion을 포함하지 않고 구조최적화를 시켰더니 잘 되었습니다. 이번에는 counter anion (2Cl-)를 포함해서 계산을 하고 싶은데, 어디에 위치를 시켜야 할지 막막해서 질문을 드립니다.
이런 경우 counter anion을 어디에 두고 계산을 해야 하나요? 랜덤하게 놓고 시작을 하면 될까요?
경험이 있으신 분들의 도움을 요청드립니다.
감사합니다.
- 계산화학
- inorganic complexes
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 3
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답변
김종현님의 답변
2017-12-02- 3
댓글이 별로 없으셔서 결국은 제가 다시 댓글을 답니다. yymomo님도 언급하신 것처럼 랜덤하게 놓고 계산하는게 맞습니다. 저의 경우에는 나중에 X-ray crystal을 찍었기 때문에 비슷한 위치에 counter ion을 놓고 시작을 하였습니다. 혹시라도 이런 계산을 하실 분들을 위해서 기록으로 남깁니다. 감사합니다.
김종현(bestkiss) 2017-12-08Molecular mechanics 계산 등을 통해서 대충 위치를 예상하기도 했었는데 ab initio 계산 결과와는 많이 다른 양상을 보였습니다. 그래서 랜덤이라고 말씀을 드렸는데 사실은 MM 계산을 했었습니다. 그리고 위에서 언급한 것처럼 다행히 엑스레이 크리스탈 구조를 얻었기 때문에 또한 그 부분에 카운터 이온을 위치시켜 놓고 시작을 했습니다. 어려운건 아니고 그냥 시간이 조금 걸리는 계산입니다. 감사합니다.
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답변
양현모님의 답변
2017-11-26- 1
일단 어떤 프로그램을 사용하시는지 모르겠지만 가우시안을 사용하고 계신다면 해당 프로그램 담당 업체에게 문의 하시는 것이 빠르실 듯 합니다. 물론 교수님이나 선배님들 도움을 받는 방법도 있고요.
정확하진 않지만 비슷한 것을 하는 사람을 본적 있는 것 같은데 랜덤하게 놓고 찾아가는 식으로 수행을 했던 것으로 기억합니다.
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답변
오현철님의 답변
2017-12-26- 1
2cl- 가 아닌 중성 상태에서의 cl을 놓고 계산을 먼저 돌리신 다음, 전자 2개를 빼고 시작하시면 좀 더 빠르게 local minimum을 찾을 겁니다. 그냥 랜덤하게 시작하면 종종 local minimum이 에너지가 높은곳에서도 잡히기 때문에 조심해야 합니다. 원글자님 처럼, XRD나 MM 계산으로 어느정도 위치에 대한 감이 오면 다행입니다만, 그렇지 않을경우 모든경우의 수를 찾아야 하기 때문에 상당한 노가다를 겪으셔야 함을 알려드립니다.
랜덤하게 놓으셨다니~ 많이 힘드셨겠어요. 댓글도 별로 없는 것을 보니 많이 어려운 학문 같습니다. 계산화학이라~~ 힘내세요~!