2018-07-05
org.kosen.entty.User@72566c65
장미옥(bestwife76)
- 3
안녕하세요
세포에 특정 스트레스 처리를 했더니 배양 14일만에
생존율이 40% 밖에 되지 않네요
이 스트레스 처리한 cells에서 유전자 발현 프로파일이 어떻게 되는지 보고 싶은데요
40% 생존율로도 RNA 추출 샘플량, cDNA 합성량만 늘리면
transcriptome 진행해서 유전자 발현 프로파일을 효과적으로 볼 수 있을까요?
이럴 경우에는 어떻게 하는 게 바람직할까요?
혹시 transcriptome 진행할 때, 명확한 결과를 얻을 수 있는 세포 생존율 범위 이런게 있을까요?
transcriptome을 첨 해보는 거라서 잘 몰라 문의드립니다
세포에 특정 스트레스 처리를 했더니 배양 14일만에
생존율이 40% 밖에 되지 않네요
이 스트레스 처리한 cells에서 유전자 발현 프로파일이 어떻게 되는지 보고 싶은데요
40% 생존율로도 RNA 추출 샘플량, cDNA 합성량만 늘리면
transcriptome 진행해서 유전자 발현 프로파일을 효과적으로 볼 수 있을까요?
이럴 경우에는 어떻게 하는 게 바람직할까요?
혹시 transcriptome 진행할 때, 명확한 결과를 얻을 수 있는 세포 생존율 범위 이런게 있을까요?
transcriptome을 첨 해보는 거라서 잘 몰라 문의드립니다
- 세포 생존율
- transcriptome
- 생존율 범위
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 3
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답변
이배훈님의 답변
2018-07-07- 2
특정 스트레스로 처리한 실험군과 그렇치 않은 대조군의 유전자 발현 프로파일을 비교하면
될 것 같습니다. 실험군의 생존률이 낮아 충분한 양(여러 샘플들을 모아) 의 RNA 시료를 준비해야 겠네요.
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답변
심우영님의 답변
2018-07-18- 1
transcriptome을 위한 세포의 생존률은 따로 특정되어 있지 않습니다.
어차피 생존률이 낮다면 최소 분석이 가능하도록 초기 세포를 많이 배양하면 이 문제는 쉽게 해결됩니다.
다만, RNA의 QC가 문제가 됩니다.
어떤 환경인지는 모르겠지만, 생존률이 낮다는 것은 애초 RNA의 상태가 좋지 않거나, RNA 안정화에 여러 악조건을 가질 수 있기에 추출 전후로 데미지를 많이 받아 깨질 수 있는 소지가 높습니다.
일정 부분의 RNA 상태를 요구하고 RNA 상태에 따라 결과가 많이 달라질 수 있는 것이 transcriptome이기에 이 부분을 잘 생각하셔야 됩니다.
첫째로 RNA의 양이 어느 정도 되는지 확인을 하시고, QC를 진행하시기 바랍니다.
둘째로 RNA의 양은 충분한데 QC가 안좋다면 clean-up kit의 사용을 권해 드립니다.
셋째로 소중한 샘플인데 이도저도 불안하다면 transcriptome을 실험해 주는 회사에서 RNA의 추출까지도 해주니 서비스를 이용해 보시기를 권합니다.
심우영(ggito0731) 2018-07-18덧붙여 40%의 생존률이라면 세포 생물학적으로 낮은 수치이기는 하나 transcriptome을 보기 위한 샘플링 관점에서 본다면 그리 낮은 수치는 아닙니다. 25%에서도 transcriptome을 진행했습니다.
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답변
황규찬님의 답변
2018-09-04- 0
그 세포주가 죽지 않는 immortal cell lin이라면 문제가 없지만, normal primary cell line이라면 여러 문제가 있습니다.
1) 죽어가는 세포 유래 RNA들은 불완전(degradation)하므로 분석하기에 적합하지 않습니다. 따라서, 14일간 배양하면서 time별(예를 들면 2일 간격)로 세포유래 RNA QC를 보면서 연구하셔야 의미가 있습니다.
2) 따라서, 비가역적인 상태가 아닌, 원하는 형질의 원인을 규명하기 위해서 타이밍이 중요하고 양은 나중에 늘리면 되는것이기 때문에 문제가 되지 않습니다.