2018-09-09
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이평강(lpg2314)
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안녕하세요,
일반적으로 protein 구조를 확인하고 싶을 때 Protein Data Bank에서 X-ray 구조를 다운 받거나, 안 밝혀져 있을 시 homologous한 protein을 template로 modeling을 하는데, circular permutation한 protein의 경우, 구조를 예측할 수 있는 특수한 modeling 기법이 있을런지요?
Permutation 이전의 구조는 PDB로 밝혀져 있는 한에서 modeling을 할 수 있는 방법이 있는 지 궁금합니다.
일반적으로 protein 구조를 확인하고 싶을 때 Protein Data Bank에서 X-ray 구조를 다운 받거나, 안 밝혀져 있을 시 homologous한 protein을 template로 modeling을 하는데, circular permutation한 protein의 경우, 구조를 예측할 수 있는 특수한 modeling 기법이 있을런지요?
Permutation 이전의 구조는 PDB로 밝혀져 있는 한에서 modeling을 할 수 있는 방법이 있는 지 궁금합니다.
- circular permutation
- protein modeling
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 3
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답변
강대원님의 답변
2018-09-10- 3
안녕하세요. 전문 분야는 아니지만 혹시 도움이 되실까해서 몇자 남깁니다. 아래 웹페이지의 내용이 도움이 되셨으면 좋겠습니다. https://salilab.org/archives/modeller_usage/2010/msg00220.html -
답변
안재우님의 답변
2018-09-11- 3
안녕하세요.
구조생물학을 하면서 CP도 궁금했었는데 직접하시는 분을 보니 반갑습니다.
제 전문분야가 아리라 잘 로르지만 protein modeling 방벙이 크게 Homology modeling, Threading, ab initio, Quantum theory 방법 등이 있을 건데요.
Threading 이나 ab inition로 하면 가능하지 않을까하는 생각이 듭니다.
검색해보니 Threading 서버나 소프트 웨어로 Raptor랑 Phyre가 있네요.(phyre는 Homology modeling으로 알고 있었는데 직접 사용해보세야 할 듯 합니다.)
ab initio는 I-TASSER와 ROBETTA가 있네요.
저도 이방법들로는 모델링을 안 해봐서 잘 모릅니다만
사이즈가 크면 힘들지 않을까하는 생각도 듭니다.
좋은 연구결과 있으시길 기원합니다.
이평강(lpg2314) 2018-09-11구조생물학 전문가 분을 보니 저도 반갑습니다. 제가 modeling 분야는 잘 모르는데 I-TASSER에 대해선 들은 적이 있습니다. 조언 주신 소프트웨어로 한 번 시도해 보겠습니다. 감사합니다.
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양현모님의 답변
2018-09-27- 2
I-TASSER 가 쓰레딩 기법인 줄 알았는데..아무튼 이런 저런 조합으로 인해 모델이 좀 안좋았어요.
그냥 프로그램 써서 하는 호몰로지의 경우 70% 정도 이상은 시퀀스 시밀러리티가 되어야 어느 정도 신뢰도가 있다고 했는데 만들었더니 리간드의 배향이 맘에 안들었고요.
일단 쓰레딩 기법으로 하실 경우, 단백질의 종류, 타입에 따라서 잘 재현되는 것도 있는 것 같습니다. 이 것 말고 또 몇개 더 있어요. 비교해놓은 논문을 본 것 같은데.. 잘 못찾겠네요.
네, 이미 알고 있는 웹페이지이긴 했습니다만, 관심 갖고 링크주셔서 감사드립니다.