2018-11-19
org.kosen.entty.User@652f8b64
양현모(yymomo)
- 1
PDB data를 보고 있는데요.
아래 구간을 해석하려고 합니다.
보면 occupancy 가 1과 0.5 가 있고 B-factor 가 20대에서 30~40 으로 왔다갔다 하는데요.
제가 알기로는 B-factor는 rigid 한 정도로 알고 있는데 그렇다면 occupancy 0.5 는
어떤 의미로 해석해야 하는지요? 결국 이것도 rigid 하지 않아서 0.5로 나오게 되는 것이
아닌지요?
ATOM 846 N N . ARG A 1 112 ? 24.074 45.863 5.883 1.00 27.52 ? 111 ARG A N 1
ATOM 847 C CA A ARG A 1 112 ? 23.311 45.354 4.738 0.50 27.07 ? 111 ARG A CA 1
ATOM 848 C CA B ARG A 1 112 ? 23.298 45.358 4.742 0.50 26.97 ? 111 ARG A CA 1
ATOM 849 C C . ARG A 1 112 ? 23.573 46.179 3.479 1.00 29.48 ? 111 ARG A C 1
ATOM 850 O O . ARG A 1 112 ? 23.474 45.655 2.382 1.00 28.26 ? 111 ARG A O 1
ATOM 851 C CB A ARG A 1 112 ? 21.801 45.395 5.047 0.50 28.92 ? 111 ARG A CB 1
ATOM 852 C CB B ARG A 1 112 ? 21.783 45.443 5.043 0.50 28.31 ? 111 ARG A CB 1
ATOM 853 C CG A ARG A 1 112 ? 21.345 44.381 6.103 0.50 36.79 ? 111 ARG A CG 1
ATOM 854 C CG B ARG A 1 112 ? 21.271 44.531 6.172 0.50 35.65 ? 111 ARG A CG 1
ATOM 855 C CD A ARG A 1 112 ? 19.854 44.475 6.382 0.50 35.69 ? 111 ARG A CD 1
ATOM 856 C CD B ARG A 1 112 ? 19.764 44.676 6.380 0.50 31.00 ? 111 ARG A CD 1
ATOM 857 N NE A ARG A 1 112 ? 19.058 43.956 5.267 0.50 37.70 ? 111 ARG A NE 1
ATOM 858 N NE B ARG A 1 112 ? 19.397 45.992 6.914 0.50 34.18 ? 111 ARG A NE 1
ATOM 859 C CZ A ARG A 1 112 ? 17.790 43.569 5.364 0.50 39.63 ? 111 ARG A CZ 1
ATOM 860 C CZ B ARG A 1 112 ? 18.193 46.547 6.800 0.50 47.89 ? 111 ARG A CZ 1
ATOM 861 N NH1 A ARG A 1 112 ? 17.152 43.107 4.303 0.50 23.49 ? 111 ARG A NH1 1
ATOM 862 N NH1 B ARG A 1 112 ? 17.955 47.743 7.322 0.50 35.87 ? 111 ARG A NH1 1
ATOM 863 N NH2 A ARG A 1 112 ? 17.154 43.640 6.524 0.50 33.43 ? 111 ARG A NH2 1
ATOM 864 N NH2 B ARG A 1 112 ? 17.221 45.918 6.151 0.50 38.54 ? 111 ARG A NH2 1
아래 구간을 해석하려고 합니다.
보면 occupancy 가 1과 0.5 가 있고 B-factor 가 20대에서 30~40 으로 왔다갔다 하는데요.
제가 알기로는 B-factor는 rigid 한 정도로 알고 있는데 그렇다면 occupancy 0.5 는
어떤 의미로 해석해야 하는지요? 결국 이것도 rigid 하지 않아서 0.5로 나오게 되는 것이
아닌지요?
ATOM 846 N N . ARG A 1 112 ? 24.074 45.863 5.883 1.00 27.52 ? 111 ARG A N 1
ATOM 847 C CA A ARG A 1 112 ? 23.311 45.354 4.738 0.50 27.07 ? 111 ARG A CA 1
ATOM 848 C CA B ARG A 1 112 ? 23.298 45.358 4.742 0.50 26.97 ? 111 ARG A CA 1
ATOM 849 C C . ARG A 1 112 ? 23.573 46.179 3.479 1.00 29.48 ? 111 ARG A C 1
ATOM 850 O O . ARG A 1 112 ? 23.474 45.655 2.382 1.00 28.26 ? 111 ARG A O 1
ATOM 851 C CB A ARG A 1 112 ? 21.801 45.395 5.047 0.50 28.92 ? 111 ARG A CB 1
ATOM 852 C CB B ARG A 1 112 ? 21.783 45.443 5.043 0.50 28.31 ? 111 ARG A CB 1
ATOM 853 C CG A ARG A 1 112 ? 21.345 44.381 6.103 0.50 36.79 ? 111 ARG A CG 1
ATOM 854 C CG B ARG A 1 112 ? 21.271 44.531 6.172 0.50 35.65 ? 111 ARG A CG 1
ATOM 855 C CD A ARG A 1 112 ? 19.854 44.475 6.382 0.50 35.69 ? 111 ARG A CD 1
ATOM 856 C CD B ARG A 1 112 ? 19.764 44.676 6.380 0.50 31.00 ? 111 ARG A CD 1
ATOM 857 N NE A ARG A 1 112 ? 19.058 43.956 5.267 0.50 37.70 ? 111 ARG A NE 1
ATOM 858 N NE B ARG A 1 112 ? 19.397 45.992 6.914 0.50 34.18 ? 111 ARG A NE 1
ATOM 859 C CZ A ARG A 1 112 ? 17.790 43.569 5.364 0.50 39.63 ? 111 ARG A CZ 1
ATOM 860 C CZ B ARG A 1 112 ? 18.193 46.547 6.800 0.50 47.89 ? 111 ARG A CZ 1
ATOM 861 N NH1 A ARG A 1 112 ? 17.152 43.107 4.303 0.50 23.49 ? 111 ARG A NH1 1
ATOM 862 N NH1 B ARG A 1 112 ? 17.955 47.743 7.322 0.50 35.87 ? 111 ARG A NH1 1
ATOM 863 N NH2 A ARG A 1 112 ? 17.154 43.640 6.524 0.50 33.43 ? 111 ARG A NH2 1
ATOM 864 N NH2 B ARG A 1 112 ? 17.221 45.918 6.151 0.50 38.54 ? 111 ARG A NH2 1
- B factor
- occupancy
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
이평강님의 답변
2018-11-24- 1
단백질의 크리스탈 구조를 만든 후 X-ray 회절을 해서 얻어지는 결정 구조는 모두 천편일률적이지 않습니다. 예를 들어 어떤 단백질 분자의 A라는 잔기는 a라는 conformation을 갖고, 다른 단백질 분자에서 A라는 잔기는 b라는 conformation을 가질 수 있습니다. 물론, 대부분의 경우, 그 잔기의 atom들이 모든 분자에서 동일한 위치에 발견되며 이럴 경우 occupancy는 1입니다. 하지만 a라는 conformation이 반, b라는 conformation이 반이라면 occupancy는 0.5가 되겠죠.
아래의 링크에서 "occupancy" 관련 설명글을 읽어보시면 도움이 될겁니다!
https://pdb101.rcsb.org/learn/guide-to-understanding-pdb-data/dealing-with-coordinates