2019-05-08
org.kosen.entty.User@d95f36f
양현모(yymomo)
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antibody를 design 할 때, 컴퓨터를 사용해서 하시는 비중이 얼마나 되는지요?
너무 질문이 막연하면 어떤 식으로 컴퓨터를 사용하시는지요?
단순히 blast 검색이나 호몰로지 말고 직접 모델링 작업을 의미합니다.
제 경우는 small molecule design 하고 합성하는 경우라서
antibody 를 다루시는 분들이 해당 분야에 대한 이해도나 적용을 어느정도 하시는지
궁금해서 문의 드립니다.
너무 질문이 막연하면 어떤 식으로 컴퓨터를 사용하시는지요?
단순히 blast 검색이나 호몰로지 말고 직접 모델링 작업을 의미합니다.
제 경우는 small molecule design 하고 합성하는 경우라서
antibody 를 다루시는 분들이 해당 분야에 대한 이해도나 적용을 어느정도 하시는지
궁금해서 문의 드립니다.
- antibody
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
최재원님의 답변
2019-11-30- 0
Antibody design을 위한 컴퓨터 사용은 small molecule (chemical) 만큼은 아니지만 최근 들어서 사용 빈도가 비교적 증가하고 있는 것으로 생각됩니다.
Antibody design을 위한 목적(연구 목적)이 무엇이냐에 따라 차이가 있을 것 같습니다.
A라는 target protein의 구조가 완벽하게 잘 알려져 있다면,
A라는 단백질에 아주 잘 결합 가능한 small molecule (chemical)로 구성된 치료제 후보 물질들을 스크리닝 하기에 용이할 것 같습니다.
즉, Docking 여부를 확인하기 위한 in silico study가 대부분일 것이고, small molecule(chemical)은 A라는 단백질보다 분자량(크기)이 작은 것일 일반적일 것 같습니다.
Antibody design이라고 하면 위의 A와 같은 target protein에 결합을 잘 할 수 있는 항체를 디자인 하기 위함일 것입니다. Antibody design을 위한 컴퓨터 사용은 주로 2가지 측면에서 고려 될 수 있을 것 같습니다. 1) A라는 target protein 중에서도 항체와 결합을 잘 할 수 있는 epitope이 어디일 것인가? 2) 항체의 CDR (complemetarity determining region)이 어떤 아미노산 으로 이루어져있을 때, target protein과 가장 잘 결합을 할 것인가?
위의 정보들로부터, 전체 길이의 항체(IgG) 혹은 항체 단편들(Fab, scFv 등)에 대한 아미노산 서열(혹은 coding DNA seuqence) 정보를 획득하여, 항체로 발현하기 위해 사용하곤 합니다.
1) 항원 입장에서 epitope을 prediction하기 위한 DB로는 'https://www.iedb.org/'가 유용합니다.
2) 항체 모델링과 관련해서 아래의 업체 사이트나 논문 및 DB를 참고하시면 도움 되실 것 같습니다.
- https://www.profacgen.com/Antibody-Modeling.htm
- http://www.3dabmod.com/
- https://www.nature.com/articles/nprot.2014.189