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지식나눔

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KEGG pathway database vs. Reactome pathway database

2019-07-30 org.kosen.entty.User@ac2245f 하영술(hays)
  • 2
특정 질환관련 바이오마커를 찾기위해 오믹스 분석을 시행하여 증감이 확인된 유전자의 pathway를 분석하고자 합니다. KEGG pathway database와 Reactome pathway database를 이용하여 분석하는 방법이 궁금합니다. 또한, 이들 database 중 어떤 것을 사용하는 것이 좋을까요? 장단점이나 분석 tip을 알고 계시면 알려주세요...
  • KEGG
  • Reactome
  • Pathway
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답변 2
  • 답변

    한민준님의 답변

    2019-07-31
    • 1
    이러한 database search를 하려면 raw data가 있어야 합니다. 
    RNA-seq등을 했을때 cont vs exp group 사이에 2 fold 이상 up-regulation/down-regulatioin 된 gene list를 이곳에 집어 넣어주면 특정 pathway가 enrich된다 이렇게 예측을 해주는 것입니다. 
    전 두개 다 돌려봅니다. 
    답변수정
    이러한 database search를 하려면 raw data가 있어야 합니다. 
    RNA-seq등을 했을때 cont vs exp group 사이에 2 fold 이상 up-regulation/down-regulatioin 된 gene list를 이곳에 집어 넣어주면 특정 pathway가 enrich된다 이렇게 예측을 해주는 것입니다. 
    전 두개 다 돌려봅니다. 
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    이상후님의 답변

    2019-08-01
    • 1
    1. KEGG pathway
    이 pathways는 효소는 EC numbers, 화학 성분은 compound numbers, 특정 gene에 대해서는 gene accessions에 의해 찾을 수 있으며, user 들은 특정 pathway의 그룹들 내에 어떤 유사한 유전자들이 보이는지 그 패턴을 확인할 수 있습니다. 또한 서열 유사성(sequence similarity)에 의해서도 검색할 수 있는데, 특히 orthologs를 확인하거나, gene catalog로부터 pathways를 재구축할 때 유용합니다. 검색방법은 유사한 아미노산 또는 뉴클로타이드 서열의 FASTA 또는 BLAST search로 가능합니다.


    2. Reactome pathway
    다음 링크를 참고해 보세요.
    https://blog.naver.com/cjh226/221439556453
    답변수정
    1. KEGG pathway
    이 pathways는 효소는 EC numbers, 화학 성분은 compound numbers, 특정 gene에 대해서는 gene accessions에 의해 찾을 수 있으며, user 들은 특정 pathway의 그룹들 내에 어떤 유사한 유전자들이 보이는지 그 패턴을 확인할 수 있습니다. 또한 서열 유사성(sequence similarity)에 의해서도 검색할 수 있는데, 특히 orthologs를 확인하거나, gene catalog로부터 pathways를 재구축할 때 유용합니다. 검색방법은 유사한 아미노산 또는 뉴클로타이드 서열의 FASTA 또는 BLAST search로 가능합니다.


    2. Reactome pathway
    다음 링크를 참고해 보세요.
    https://blog.naver.com/cjh226/221439556453
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