2019-07-30
org.kosen.entty.User@9f4519b
허시현(lvsihyun)
- 2
FACS 분석 시 isotype control을 이용해 기준을 잡는 것으로 알고 있습니다.
분석하는 사람마다 조금 다르다는 것을 알고 있지만,
저의 경우에는 기준을 각 항체의 isotype control이 0.0% 일 경우를 기준으로 하여 %를 계산하였습니다.
다른 항체에서는 큰 문제가 없었는데, 한 항체의 isotype control에서 약간의 signal이 나와 어찌 해야할지 고민입니다.
첨부한 그림을 참고하면,
기존에 하던데로 0.0%를 맞추면 histogram으로 나타낼 시 피크에서 한참 떨이진 곳에 기준이 잡히게 됩니다.
피크의 가장 끝 부분을 맞추어 잡으면 isotype control에서도 0.4%의 positive signal이 나타납니다.
적은 양이지만, 기준을 어디로 잡느냐에 따라 실험군의 수치가 많이 차이가 나 고민입니다.
이럴 경우 다른 분들은 어떻게 기준을 잡으시는지 궁금합니다.
1. histogram의 피크를 기준으로 x축과 만나는 부분으로 잡는다. (그림 M1을 기준으로 함)
2. 무조건 isotype control 기준을 0%로 잡는다. (그림 M2를 기준으로 함)
그리고 예를 들어 2번으로 할 경우, 전체 수치에서 isotype control을 뺀 값만 표기해주어야 하나요?
예를 들어 실험군(79.3%) - isotype control(0.4%) = 78.9% 로 표기
많은 분들의 답변 부탁드립니다.
감사합니다.
분석하는 사람마다 조금 다르다는 것을 알고 있지만,
저의 경우에는 기준을 각 항체의 isotype control이 0.0% 일 경우를 기준으로 하여 %를 계산하였습니다.
다른 항체에서는 큰 문제가 없었는데, 한 항체의 isotype control에서 약간의 signal이 나와 어찌 해야할지 고민입니다.
첨부한 그림을 참고하면,
기존에 하던데로 0.0%를 맞추면 histogram으로 나타낼 시 피크에서 한참 떨이진 곳에 기준이 잡히게 됩니다.
피크의 가장 끝 부분을 맞추어 잡으면 isotype control에서도 0.4%의 positive signal이 나타납니다.
적은 양이지만, 기준을 어디로 잡느냐에 따라 실험군의 수치가 많이 차이가 나 고민입니다.
이럴 경우 다른 분들은 어떻게 기준을 잡으시는지 궁금합니다.
1. histogram의 피크를 기준으로 x축과 만나는 부분으로 잡는다. (그림 M1을 기준으로 함)
2. 무조건 isotype control 기준을 0%로 잡는다. (그림 M2를 기준으로 함)
그리고 예를 들어 2번으로 할 경우, 전체 수치에서 isotype control을 뺀 값만 표기해주어야 하나요?
예를 들어 실험군(79.3%) - isotype control(0.4%) = 78.9% 로 표기
많은 분들의 답변 부탁드립니다.
감사합니다.
- FACS
- isotype control
지식의 출발은 질문, 모든 지식의 완성은 답변!
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
답변 2
-
답변
한민준님의 답변
2019-08-01- 2
저는 isotype cont (IgG-FITC etc)과 single stain cont 으로 compensation을 하고
non-stain 샘플을 가지고 gate control (0% 기준값)을 잡아줍니다.
-
답변
이광호님의 답변
2019-08-01- 2
근데......
그림을 보았을때 이경우에는 M1을 기준으로 잡아야 할것 같습니다.
꼭 0%에 집중하는것이 중요한게 아니라
FACS나 생물학관련 시험은 상대적인 결과에 대해 의미를 부여하는 경우가 많기 때문에
M2를 기준으로 잡는다면 다른 대상과 비교한 결과가 납득이 되지 않을 듯 합니다.
0% 0.*% 이런것에 크게 의미를 두지 마십시요.
control이 비교하는 역할을 제대로 할 수 있는 곳으로 잡으세요.