2020-06-18
org.kosen.entty.User@a058a5d
박지훈(lemon9551)
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안녕하세요
PCR 실험을 하다보니까, anealing 하는 방식이 gradient와 touch down 방식이 있다고 배웠습니다.
둘다 anealing 단계 온도를 다르게 조절해서, specific binding하는 온도를 찾기 위한 것이라고 하는데, 어떤 차이가 있는지 잘 모르겠습니다.
두 방식의 차이점을 비교해서 설명 부탁드립니다.
감사합니다.
PCR 실험을 하다보니까, anealing 하는 방식이 gradient와 touch down 방식이 있다고 배웠습니다.
둘다 anealing 단계 온도를 다르게 조절해서, specific binding하는 온도를 찾기 위한 것이라고 하는데, 어떤 차이가 있는지 잘 모르겠습니다.
두 방식의 차이점을 비교해서 설명 부탁드립니다.
감사합니다.
- PCR
- anealing
- Temperature
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 3
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답변
변경필님의 답변
2020-06-19- 3
간단하게 설명드리면,
가. touch down PCR:
PCR 기기 block 전체를 설정한 annealing temperature 변화 범위의 동일한 조건으로 PCR를 하는 것을 말합니다. 즉, 동일 block의 개별 PCR reation tube의 annealing temperature는 모두 동일
나. gradient PCR :
PCR 기기 block 의 라인 별로(가로 또는 세로기준으로 1줄) 설정한 annealing temperature 범위의 개별온도가 적용되어 PCR를 하는 것을 말함. 라인별로 적용된 annealing temperature가 다름. PCR 반응 조건 최적화시 이상적인 annealing temperature를 찾을 때 유용함. -
답변
한민준님의 답변
2020-06-22- 3
gradient PCR은 "wowphils"님이 잘 설명해주었는데요 primer와 probe에 따라서 annealing temp (보통 55-65도 사이)가 조금씩 달라서 최적화를 위해서 gradient로 돌려서 최적화를 시키는 경우도 더러 있습니다. 같은 96 well plate를 사용하지만 column 별로 설정 온도를 다르게 해서 어떤 조건에서 ct value가 가장 잘 나오는지 확인 가능하기 때문입니다. ddPCR의 경우 보통 처음에 이렇게 해서 조건을 잡습니다.
touchdown은 제가 알기로는 cycle이 지나면서 계속해서 annealing temp 떨어지게 작동하는 방법으로 알고 있습니다. 첫 cycle은 Tm 보다 높게 잡고 마지막은 Tm보다 낮게 잡아서 정확한 annealing temp 을 모르지만 PCR이 가능하게 되도록 modification시킨 PCR 방법입니다.
구지 차이를 비교하자면 동일 sample 내에서 annealing temp 의 변경이 있는것과 없는 것으로 이야기 할 수 있겠죠. -
답변
박애리님의 답변
2020-11-30- 0
개인적으로 사용했던 예시를 말씀드리면 도움이 될까 싶어 몇자 적어봅니다
touch down PCR인 경우에는 primer가 여러개 들어가서 각 조건이 다를경우 이용하는 편이고
gradient PCR의 경우 primer 주문 했는데 annealing temperature 가 애매한 경우
잘나오는 온도 조건찾기위해서 돌리는 경우가 있었습니다