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지식나눔

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단백질의 domain 분류 문의

2021-05-11 org.kosen.entty.User@4a6c0bc 양현모(yymomo)
  • 1
단백질을 domain 별로 분류를 하는데, 이게 어떤 기준으로 분류가 되는지 궁금합니다. 
가령 HDAC6를 예로 들면
87~447 까지는 DD1 이고
482~800 까지는 DD2  이다. 이런 식으로 이야기를 하던데, 어떻게 정할 수 있는지요?
  • 단백질 구조
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답변 1
  • 답변

    한민준님의 답변

    2021-05-14
    • 3
    보통 단백질의 구조적인 분류입니다. 
    찾아보니 human HDAC6은 구조적으로는 다섯개 도메인으로 구성되어있네요. 
    (i) the N-terminal domain (amino acids 1–87),
    (ii) tandem deacetylase domains DD1 (amino acids 88–440),
    (iii) DD2 (amino acids 480–855) connected by a glutamate-rich linker,
    (iv) the Ser-Glu–containing repeated tetrapeptide domain (SE) (amino acids 856–1108), and
    (v) the C-terminal ubiquitin-binding zinc finger domain (ZnF) (amino acids 1109–1215) 

    이러한 구조적인 conserved domain이 기능적으로는 kinase domain이나 acetylase domain으로 분류가 되기도 합니다. 
    답변수정
    보통 단백질의 구조적인 분류입니다. 
    찾아보니 human HDAC6은 구조적으로는 다섯개 도메인으로 구성되어있네요. 
    (i) the N-terminal domain (amino acids 1–87),
    (ii) tandem deacetylase domains DD1 (amino acids 88–440),
    (iii) DD2 (amino acids 480–855) connected by a glutamate-rich linker,
    (iv) the Ser-Glu–containing repeated tetrapeptide domain (SE) (amino acids 856–1108), and
    (v) the C-terminal ubiquitin-binding zinc finger domain (ZnF) (amino acids 1109–1215) 

    이러한 구조적인 conserved domain이 기능적으로는 kinase domain이나 acetylase domain으로 분류가 되기도 합니다. 
    양현모(yymomo) 2021-05-20

    감사합니다

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