2021-11-25
org.kosen.entty.User@804b73c
조수호(kist22)
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출처: Transfer of a healthy microbiota reduces amyloid and tau pathology in an Alzheimer’s disease animal model
논문에서 WT과 ADLP질환 모델의 두 그룹간의 군집차이는 관찰되지만 두그룹간 "종 다양성"은 차이가 없다고 말은 하는데 제가 궁금한 것은 데이터의 구체적인 해석 즉 PCO1가 17.11%, PCO2가 15.84% 의미, 위의 Bray-Curtis dissimilarity 그림의 구체적 해석이 궁금합니다.
궁금한 데이터 파일 첨부하였습니다. 감사합니다.
- Bray-Curtis dissimilarity
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답변 1
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답변
김민수님의 답변
2021-12-07- 1
안녕하세요, 충남대학교 김민수입니다.
PCo1과 PCo2는 주어진 평면 공간의 x축, y축의 실질적인 기여도를 나타냅니다. 시료 간 마이크로바이옴 구성의 상대적인 차이가 크면 클수록, x축과 y축의 값은 커지게 되어 있습니다.
Bray-Curtis dissimilarity는 마이크로바이옴 구성 비교를 수치화하는 지표로써, 공유하는 미생물의 개수가 많을 수록, 공유하는 미생물의 양적 분포가 높을 수록 그 값은 줄어들게 되어 있습니다. 이를 토대로, 시료 간 거리를 수치화하고, 그 수치를 평면 위에 좌표를 통해 나타낸 것이 해당 그림이 됩니다.
그러니 점과 점 사이의 거리가 가까울수록, 공유하는 미생물 종(species)의 개수와 양이 크다는 것을 의미하며, 이는 유사한 마이크로바이옴을 가진다고 해석할 수 있습니다.
감사합니다.