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Real time PCR 진행한 후 결과 값 계산할 때 ddCT로 계산을 하고 있습니다.
(기기가 자동으로 계산한 값을 주기도 하지만)
그런데 ddCT로 값을 계산할 때 꼭 control과 sample의 housekeeping gene의 CT 값을 비슷하게 맞춰 줘야 할까요?
예를 들어, control의 housekeeping gene의 CT 값이 17이고 실험군의 housekeeping gene의 CT 값이 18이라면
수치상으론 control의 DNA가 2배 많은 것이니, control의 DNA를 절반으로 줄이거나 실험군의 DNA를 2배 가량 더 넣어줘서
real time PCR을 다시 진행하고 housekeeping gene의 CT 값을 비슷하게 만든 다음
결과 값(target gene의 변화)을 계산하라고 하더군요.
저는 ddCT 자체가 control의 housekeeping gene의 CT값으로 보정을 하는 거니까 굳이 저렇게 할 필요가 있을까 싶은데
꼭 housekeeping gene의 CT 값을 비슷하게 맞춰 줘야 하는지 궁금합니다.
- Real time PCR
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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한민준님의 답변
2024-01-03- 1
control과 sample이 같은 cell line인데 treated 된 경우라면 보통은 house-keeping gene은 일정해야 합니다.
근데 다른 세포나 조직은 GAPDH같은 house-keeping gene이 변하는 경우도 있습니다. 따라서 일단은 house-keeping gene을 잘 선택하셔야 하구요
https://academic.oup.com/jxb/article/60/2/487/631727
전 보통 Target/housekeeping ddCT로 (normalization) relative expression (%)으로 표현합니다.
이 경우 control이 100% sample은 이것과 비교해서 up and down 으로 표시가 됩니다.
답변 감사합니다.
같은 cell line의 housekeeping gene이 일정해야 한다면
대략 1 CT 미만으로 차이가 나는 정도 일까요?
저는 RNA뽑고 cDNA 합성 후 qPCR을 하는 과정만 해봐서 그런데
혹시 이 과정 중에서 housekeeping gene의 CT 값이 차이가 날 수도 있을까요?