화학해양학 실험실은 해양생태계의 주요 구성 요소인 무기 화학성분 및 유기 화합물의 조성, 물질순환, 수직 및 수평분포, 생물과의 상호작용 등 해양생태계에서 일어나는 화학적 과정을 연구하는 실험실이다. 이러한 화학적인 연구과정을 통하여 부영양화, 유해화학물질 오염 등 연안역에서 문제가 되고 있는 해양환경오염 현상 조사, 해양오염기구의 규명, 해양오염 평가, 어장환경 평가, 해양환경 관리 등의 연구를 수행하고 있으며, 연구를 수행하기 위하여 DO Meter, Spectrophotometer, 초순수제조기, Gas Chromatography, Gas Chromatography/Mass Spectrophotometer, Liquid Spectro- photometer 등의 고가 분석 장비 및 설비를 갖추고 있다.