분자생태학 연구실에서는 국, 내외에 서식하는 동물들 (특히 담수어류)의 행동과 생태, 그리고 유전학적인 접근을 통하여 진화적 메커니즘을 규명하기 위한 연구를 수행하고 있다.
1. 담수어류의 성선택 메커니즘과 유전학
배우자 선택과 수컷 경쟁 등 성선택 (sexual selection) 메커니즘에 대한 연구는 본 연구실의 가장 오래된 과제이다. 본 연구실에서는 담수어류인 납자루아과 (Acheilognathinae)와 잔가시고기 (Pungitius kaibarae), 밀어 (Rhinogobius sp.) 등 담수어류의 생식 행동과 행동유전, 양적형질 유전 등이 본 연구 과제의 주요 주제이다.
2. 담수어류의 면역 시스템의 유전과 진화 그리고 생태학적인 중요성
척추동물 면역 시스템에서 결정적인 역할을 하는 MHC (Major Histocompatibility Complex)의 진화 양상과 유전학적인 성질 등을 연구하며, 이러한 면역시스템이 말단 집단이나 위기종에서 어떠한 역할을 하는지를 규명하고 있다. 대상종은 주로 쉬리 (Coreoleuciscus splendidus), 각시붕어 (Rhodeus uyekii), 참갈겨니 (Zacco koreanus) 등이다
3. 생물의 분산 기작과 집단의 유전적 구조에 관한 연구
우리나라에서 가장 흔한 물고기 중 하나인 참갈겨니 (Zacco koreanus)와 멸종위기종인 가시고기 (Pungitius sinensis)의 계통적, 유전적 구조를 분자생물학적인 방식으로 밝히며, 현재의 분포 양상과 진화 그리고 초집단구조 (meta-population)를 만드는 메커니즘을 유전학적인 방식으로 연구하고 있다.