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PCR optimization 을 먼저하세요. 다른방법으로는 southern이 있지만 조금 번거로울것 같습니다. PCR이 되지않는 이유는 여러가지이지만 제시하신것이 없기에 답변을 드릴수가 없습니다.
유산균에서 플라스미드 prep하여 이를 제한효소로 잘라서 확인도 가능하겠군요. 굳이 PCR을 쓰셔야 하는 이유가 뭔지.....