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지식나눔

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IC50 에 대해서...

2004-08-04 org.kosen.entty.User@185d90cf 전주홍(jhjeon2)
  • 4
in vitro 효소활성 측정 반응에서 효소활성 억제제 (inhibitor)에 대한IC50 값을 구할려고 합니다. 실험적으로 어떤 parameter들을 고려해야 되는지요. 예를 들어서 효소활성이 saturation되는 값을 maximum activity로 억제제에 의해 최대한 억제되는 값을 minimum activity로 이해해야 하는지.... 기본적인 개념과 실험적으로 어떤 setting을 해야하는지 조언을 부탁드립니다. potency와 efficacy에 대한 개념도 설명해 주시면 감사하겠습니다.
  • IC50
  • Inhibitor
  • enzyme activity
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    전주홍님의 답변

    2004-08-14
    • 0
    허광래 선생님 친절한 답변에 감사드립니다. 저도 현재 prism을 이용하고 있습니다 (logED50). 효소의 농도와 반응시간은 어떻게 해야할지도 궁금합니다. 물론 효소의 농도에 따라 사용 기질 농도의 차이가 나겠지요... 간단히 보면 효소의 활성은 즉 특정 온도에서 단위시간당 생성되는 product의 양인데, 그러면 반응 시간을 정할 때 효소 활성이 linearity로 나타나는 구간에서 잡아야 되는지 아니면 충분한 시간을 주어 saturation되는 구간에서 time point를 잡는지 궁금합니다. 이 밖에 실험상 또는 실험 결과 분석상 유의할 점이 있으면 많은 전문가님들의 고견을 구합니다.
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    허광래 선생님 친절한 답변에 감사드립니다. 저도 현재 prism을 이용하고 있습니다 (logED50). 효소의 농도와 반응시간은 어떻게 해야할지도 궁금합니다. 물론 효소의 농도에 따라 사용 기질 농도의 차이가 나겠지요... 간단히 보면 효소의 활성은 즉 특정 온도에서 단위시간당 생성되는 product의 양인데, 그러면 반응 시간을 정할 때 효소 활성이 linearity로 나타나는 구간에서 잡아야 되는지 아니면 충분한 시간을 주어 saturation되는 구간에서 time point를 잡는지 궁금합니다. 이 밖에 실험상 또는 실험 결과 분석상 유의할 점이 있으면 많은 전문가님들의 고견을 구합니다.
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    허광래님의 답변

    2004-08-14
    • 0
    >in vitro 효소활성 측정 반응에서 효소활성 억제제 (inhibitor)에 대한IC50 값을 구할려고 합니다. 실험적으로 어떤 parameter들을 고려해야 되는지요. 예를 들어서 효소활성이 saturation되는 값을 maximum activity로 억제제에 의해 최대한 억제되는 값을 minimum activity로 이해해야 하는지.... > >기본적인 개념과 실험적으로 어떤 setting을 해야하는지 조언을 부탁드립니다. potency와 efficacy에 대한 개념도 설명해 주시면 감사하겠습니다. 저도 사실은 이답이 궁금하여 오래 지켜보았었는데, 아무런 답이 없어서 혹시나 도움이 될까 하여 답글 올려봅니다. 저같은 다른 분이 있으시면 첨가해서 답글을 주시면 저도 참고하겠습니다. IC50에 대한 최상값과 최하값의 정의는 대략은 맞는것 같고요. 다만 실험전에 1) substrate-dose 실험을 먼저 수행하여, 얼마만큼 양의 기질 (혹은 세포)을 사용해야 할지를 먼저 결정해야 할 것 같고요.. 그러면 꼭 논문을 쓰실때, 다음의 단위가 따라오겠지요? [ AU (arbitutary unit/ mg protein or number of cells)] 2) 그러면 일정 농도의 기질이 결정된 상태에서 억제제의 농도가 “0“인 점이 최대값이 되겠고요.... 3) 억제제의 농도를 기하급수적으로 감소시키면서 (그러면 log값으로 나오는 정수가 되겠지요..) 최대로 떨어지는 점이 최소값이 되겠습니다. 예를 들어 억제제를 10 E-2, 10 E-3, 이면 정수로는 -2와 -3... 이런 식으로 x축의 값을 예를 들면 -2~ -11 같은 정수로 setting하시고요.. y축의 값은 AU (OD or cpm)/[10 mg protein or 10E5 cells]로 정하십시요. 4) 위의 실험을 진행하는데 있어서, 이러한 값을 수학적으로 계산하기가 무척 어렵습니다. 그래프도 생각한것 만큼 절데로 깨끗하게 나오지 않습니다. 그래서 “PRISM“ 프로그램을 “강추“합니다.(꼭 이 프로그램 쓰세요~~ 정말 정말 강추입니다) 실험치만 넣어주면 fitting, 통계, 실험 오차 교정 및 맘만 먹으면 조작도 가능합니다 ^____^** 5)potency와 efficacy는 기억이 오래되어서 가물가물.. 아마도 앞에 것이 in vitro의 약효를 의미하고 뒤에 것이 in vivo의 약효였던 것으로 기억합니다. 한국생명공학연구원 허광래
    답변수정
    >in vitro 효소활성 측정 반응에서 효소활성 억제제 (inhibitor)에 대한IC50 값을 구할려고 합니다. 실험적으로 어떤 parameter들을 고려해야 되는지요. 예를 들어서 효소활성이 saturation되는 값을 maximum activity로 억제제에 의해 최대한 억제되는 값을 minimum activity로 이해해야 하는지.... > >기본적인 개념과 실험적으로 어떤 setting을 해야하는지 조언을 부탁드립니다. potency와 efficacy에 대한 개념도 설명해 주시면 감사하겠습니다. 저도 사실은 이답이 궁금하여 오래 지켜보았었는데, 아무런 답이 없어서 혹시나 도움이 될까 하여 답글 올려봅니다. 저같은 다른 분이 있으시면 첨가해서 답글을 주시면 저도 참고하겠습니다. IC50에 대한 최상값과 최하값의 정의는 대략은 맞는것 같고요. 다만 실험전에 1) substrate-dose 실험을 먼저 수행하여, 얼마만큼 양의 기질 (혹은 세포)을 사용해야 할지를 먼저 결정해야 할 것 같고요.. 그러면 꼭 논문을 쓰실때, 다음의 단위가 따라오겠지요? [ AU (arbitutary unit/ mg protein or number of cells)] 2) 그러면 일정 농도의 기질이 결정된 상태에서 억제제의 농도가 “0“인 점이 최대값이 되겠고요.... 3) 억제제의 농도를 기하급수적으로 감소시키면서 (그러면 log값으로 나오는 정수가 되겠지요..) 최대로 떨어지는 점이 최소값이 되겠습니다. 예를 들어 억제제를 10 E-2, 10 E-3, 이면 정수로는 -2와 -3... 이런 식으로 x축의 값을 예를 들면 -2~ -11 같은 정수로 setting하시고요.. y축의 값은 AU (OD or cpm)/[10 mg protein or 10E5 cells]로 정하십시요. 4) 위의 실험을 진행하는데 있어서, 이러한 값을 수학적으로 계산하기가 무척 어렵습니다. 그래프도 생각한것 만큼 절데로 깨끗하게 나오지 않습니다. 그래서 “PRISM“ 프로그램을 “강추“합니다.(꼭 이 프로그램 쓰세요~~ 정말 정말 강추입니다) 실험치만 넣어주면 fitting, 통계, 실험 오차 교정 및 맘만 먹으면 조작도 가능합니다 ^____^** 5)potency와 efficacy는 기억이 오래되어서 가물가물.. 아마도 앞에 것이 in vitro의 약효를 의미하고 뒤에 것이 in vivo의 약효였던 것으로 기억합니다. 한국생명공학연구원 허광래
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    김남철님의 답변

    2004-08-20
    • 0

    첨부파일

    Potency: Amount of a drug needed to produce a given effect. Efficacy: The maximal effect that can be produced by a drug. It is a intrinsic property of a drug. See above picture. In the aspect of Efficacy, efficacy of Morphine, Codein and Drug “D“ is same. and Their efficacy is larger(better?) than Aspirin. In the acpect of Potency, Morphine is more potent than codein and also Codein is more potent than Drug “D“. etc... >in vitro 효소활성 측정 반응에서 효소활성 억제제 (inhibitor)에 대한IC50 값을 구할려고 합니다. 실험적으로 어떤 parameter들을 고려해야 되는지요. 예를 들어서 효소활성이 saturation되는 값을 maximum activity로 억제제에 의해 최대한 억제되는 값을 minimum activity로 이해해야 하는지.... > >기본적인 개념과 실험적으로 어떤 setting을 해야하는지 조언을 부탁드립니다. potency와 efficacy에 대한 개념도 설명해 주시면 감사하겠습니다.
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    Potency: Amount of a drug needed to produce a given effect. Efficacy: The maximal effect that can be produced by a drug. It is a intrinsic property of a drug. See above picture. In the aspect of Efficacy, efficacy of Morphine, Codein and Drug “D“ is same. and Their efficacy is larger(better?) than Aspirin. In the acpect of Potency, Morphine is more potent than codein and also Codein is more potent than Drug “D“. etc... >in vitro 효소활성 측정 반응에서 효소활성 억제제 (inhibitor)에 대한IC50 값을 구할려고 합니다. 실험적으로 어떤 parameter들을 고려해야 되는지요. 예를 들어서 효소활성이 saturation되는 값을 maximum activity로 억제제에 의해 최대한 억제되는 값을 minimum activity로 이해해야 하는지.... > >기본적인 개념과 실험적으로 어떤 setting을 해야하는지 조언을 부탁드립니다. potency와 efficacy에 대한 개념도 설명해 주시면 감사하겠습니다.
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    김남철님의 답변

    2004-08-20
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    1. You should decide reaction time while enzyme activity is linearly appeared. 2. Enzyme reaction - First, you should determine relationship between your enzyme and Substrate. There are some rules(?)... 2-1. Enzyme concentration is usually decided in the range that Enzyme activity/Substrate become nearly maximum. 2-2. Substrate concentration is approximately near Km of that Enzyme & Sustrate. you should calculate Km of your reaction. 2-3. During Reaction, enzyme activity should be linear. To do this, the ratio between beginning of Reaction and Ending of Reation should be large(I cannot remember recommended ratio). If substrate is depleted during reaction, some parametes of Enzyme kinetics cannot be well calculated. 2-4. some properties of substrate should be examined. For example, You should examine whether substrate can inhibit your enzyme at high concentration or not. 2-5. Use more sensitive detection method & machine ^^ These information can be acquired through some enzyme kinetics books.. I cannot remember exact title of those books. one is “Method in enzymology“ series and another is “practical approaches series“ maybe.... Find those books and read carefully because my information can be wrong. Sorry for my poor english. But I cannot write in korean here...... -_-;;;
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    1. You should decide reaction time while enzyme activity is linearly appeared. 2. Enzyme reaction - First, you should determine relationship between your enzyme and Substrate. There are some rules(?)... 2-1. Enzyme concentration is usually decided in the range that Enzyme activity/Substrate become nearly maximum. 2-2. Substrate concentration is approximately near Km of that Enzyme & Sustrate. you should calculate Km of your reaction. 2-3. During Reaction, enzyme activity should be linear. To do this, the ratio between beginning of Reaction and Ending of Reation should be large(I cannot remember recommended ratio). If substrate is depleted during reaction, some parametes of Enzyme kinetics cannot be well calculated. 2-4. some properties of substrate should be examined. For example, You should examine whether substrate can inhibit your enzyme at high concentration or not. 2-5. Use more sensitive detection method & machine ^^ These information can be acquired through some enzyme kinetics books.. I cannot remember exact title of those books. one is “Method in enzymology“ series and another is “practical approaches series“ maybe.... Find those books and read carefully because my information can be wrong. Sorry for my poor english. But I cannot write in korean here...... -_-;;;
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