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지식나눔

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분변시료에서 장내세균총을 분석하는 실험 프로토콜 좀 부탁드립니다.

2004-08-24 org.kosen.entty.User@26505af2 김진욱(kimjk6)
  • 4
사람의 분변시료로 장내세균의 분포 및 변화를 관찰하는 실험을 하려고 합니다. 이에 관련된 논문이나 프로토콜이 있으신분은 부탁드리겠습니다.
  • 분변시료
  • 장내새균총
  • 프로토콜
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    김진욱님의 답변

    2004-08-24
    • 0
    정말 너무 감사드립니다. 그런데 FISH 방법이 정확하게 뭔지 모르겠네요.
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    정말 너무 감사드립니다. 그런데 FISH 방법이 정확하게 뭔지 모르겠네요.
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  • 답변

    전주홍님의 답변

    2004-08-24
    • 0
    FISH는 fluorescence in situ hybridization의 약자입니다. 첫번째는, fluorescence probe를 사용합니다. 주로 DNA 나 RNA fragment에 형광물질을 표지 합니다. 두번째는, in situ이기 때문에 완전히 살아있는 세포에서 분석하는 것은 아니고 그렇다고 해서 세포추출물을 분석하는 것도 아닙니다. 단지 세포를 전처리를 하지만 원형이 거의 보존되는 상태로 만드는데 주로 slide위에 세포를 위치시키고 fixative (고정액)을 사용하여 고정화과정을 거치게 됩니다. 세번째는 hybridization이기 때문에 fluorescence-labeled DNA 또는 RNA probe를 고정화된 샘플에 처리하면 sequence가 매치되는 DNA나 RNA가 존재하면 서로 결합이 되겠죠... 물론 denaturation시키는 전처리가 필요합니다. 이와 같이 fluorescence probe를 이용하여 고정화시킨 세포에서 probe에 상보적인 염기서열을 가진 DNA나 RNA를 확인하고자 할 때 사용하는 실험기술입니다. http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/fish.html 로 가보시면 원리에 대한 대강의 그림을 볼 수 있습니다. http://www.probes.com/servlets/gallery?id=25에 가시면 FISH image를 보실 수도 있습니다.
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    FISH는 fluorescence in situ hybridization의 약자입니다. 첫번째는, fluorescence probe를 사용합니다. 주로 DNA 나 RNA fragment에 형광물질을 표지 합니다. 두번째는, in situ이기 때문에 완전히 살아있는 세포에서 분석하는 것은 아니고 그렇다고 해서 세포추출물을 분석하는 것도 아닙니다. 단지 세포를 전처리를 하지만 원형이 거의 보존되는 상태로 만드는데 주로 slide위에 세포를 위치시키고 fixative (고정액)을 사용하여 고정화과정을 거치게 됩니다. 세번째는 hybridization이기 때문에 fluorescence-labeled DNA 또는 RNA probe를 고정화된 샘플에 처리하면 sequence가 매치되는 DNA나 RNA가 존재하면 서로 결합이 되겠죠... 물론 denaturation시키는 전처리가 필요합니다. 이와 같이 fluorescence probe를 이용하여 고정화시킨 세포에서 probe에 상보적인 염기서열을 가진 DNA나 RNA를 확인하고자 할 때 사용하는 실험기술입니다. http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/fish.html 로 가보시면 원리에 대한 대강의 그림을 볼 수 있습니다. http://www.probes.com/servlets/gallery?id=25에 가시면 FISH image를 보실 수도 있습니다.
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  • 답변

    김용주님의 답변

    2004-08-24
    • 0

    첨부파일

    세균총 변화를 평가하는 방법의 하나로서 첨부된 논문과 아래의 초록에 기술된 방법을 사용할 수도 있을 것 같습니다. 좋은 하루 되세요. Folia Microbiol (Praha). 2004;49(2):209-12. Enumeration, isolation, and identification of bifidobacteria from infant feces. Vlkova E, Rada V, Bujnakova D, Kmet V. Department of Microbiology and Biotechnology, Czech University of Agriculture Prague, 165 21 Prague, Czechia. vlkova@af.czu.cz Thirty-three fully breast-fed infants aged between 1 and 12 weeks were screened for bifidobacteria in feces. Bifidobacteria counts in most fecal samples determined both by TPY agar and FISH procedure ranged from 10(8) to 10(11) CFU/g. Three infants did not contain any bifidobacteria in their fecal samples. One child was delivered by caesarean section and the other two by normal vaginal delivery. All bifidobacteria-free infants possessed Gram-positive regular rods as a major group of their fecal flora. These bacteria were identified as clostridia using genus-specific FISH probe. In bifidobacteria-positive samples, B. longum (57.9% of the samples) was the most frequently found species, followed by B. adolescentis (31.6%), B. bifidum (21.0%), B. breve (10.5%), B. pseudocatenulatum (5.3%), and B. dentium (5.3%).
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    세균총 변화를 평가하는 방법의 하나로서 첨부된 논문과 아래의 초록에 기술된 방법을 사용할 수도 있을 것 같습니다. 좋은 하루 되세요. Folia Microbiol (Praha). 2004;49(2):209-12. Enumeration, isolation, and identification of bifidobacteria from infant feces. Vlkova E, Rada V, Bujnakova D, Kmet V. Department of Microbiology and Biotechnology, Czech University of Agriculture Prague, 165 21 Prague, Czechia. vlkova@af.czu.cz Thirty-three fully breast-fed infants aged between 1 and 12 weeks were screened for bifidobacteria in feces. Bifidobacteria counts in most fecal samples determined both by TPY agar and FISH procedure ranged from 10(8) to 10(11) CFU/g. Three infants did not contain any bifidobacteria in their fecal samples. One child was delivered by caesarean section and the other two by normal vaginal delivery. All bifidobacteria-free infants possessed Gram-positive regular rods as a major group of their fecal flora. These bacteria were identified as clostridia using genus-specific FISH probe. In bifidobacteria-positive samples, B. longum (57.9% of the samples) was the most frequently found species, followed by B. adolescentis (31.6%), B. bifidum (21.0%), B. breve (10.5%), B. pseudocatenulatum (5.3%), and B. dentium (5.3%).
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    김진욱님의 답변

    2004-08-25
    • 0
    답변해주신 분들게 너무 감사드리고, 또 질문이 있어서요 장내세균총을 분석하는데 FISH법을 쓴다고 말씀들 해주셨는데, 제가 필요한건 최소배지를 이용하여 장내세균을 간략적으로 분류하는 방법에 대해서도 알고 싶습니다.
    답변수정
    답변해주신 분들게 너무 감사드리고, 또 질문이 있어서요 장내세균총을 분석하는데 FISH법을 쓴다고 말씀들 해주셨는데, 제가 필요한건 최소배지를 이용하여 장내세균을 간략적으로 분류하는 방법에 대해서도 알고 싶습니다.
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