KOSEN 한인과학기술자네트워크

닫기

더 많은 혜택을 위해
로그인 하세요.

지식나눔

지식나눔

fluorescence labeling 관련!

2004-11-25 org.kosen.entty.User@57e85973 김소영(vitabella)
  • 4
fluorescence labeling에 대해서 알고 싶습니다... 제가 잘몰라서요! 일반적으로 DNA 칩 또는 항원항체 반응 등을 할때 형광을 labeling하여 assay를 하는 것으로 알고 있습니다. 무식한 질문인지는 모르겠지만...? 생체물질(DNA, protein, lipid, 등등)에 fluorescence labeling을 어떻게 하는지 그리고 이런 fluorescence labeling을 대행해 주는 업체가 있는지? 알고 싶습니다.
  • fluorescence labeling
지식의 출발은 질문, 모든 지식의 완성은 답변! 
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
답변하기
답변 4
  • 답변

    전주홍님의 답변

    2004-11-25
    • 0
    Molecular probes(www.probes.com) 라는 회사가 flurescent dye의 선두 주자 중의 하나입니다. 물론 작년 Invitrogen이 이 회사를 인수를 했습니다. 제가 알고 있기로는 Molecular Probes에서 700종 이상의 fluorescent chemical을 팔고 있습니다. 그러니 labeling을 하는 방식은 어떤 chemical이냐에 따라 조금씩 다르겠죠... 대행해 준다기 보다 워낙이 fluorescence labeling kit들이 잘 나와서 kit manual 대로 하시면 별 문제는 없구요...Molecular Probes 홈페이지에서 검색하시면 많은 정보를 얻을 수 있을 겁니다. 일반적으로 펩타이드나 DNA primer의 경우 같은 경우엔 합성 서비스를 하는데 옵션으로 fluorescence labeling을 요구하시면 되구요.. 항원 항체 같은 경우에 commercially available한 제품도 꽤 되구요 그렇지 않으면 fluorescence labeling kit를 사용하면 될 것 같구(잘 됩니다.)... DNA에 intercalating되어 fluorescence가 나오는 건 mixing만 하면 될 것 같구요... 타겟 생체분자가 뭔지를 좀 더 정확히 말씀해 주시면 대행 업체를 알아 보는데 도움이 될 것 같습니다. > >fluorescence labeling에 대해서 알고 싶습니다... > >제가 잘몰라서요! > >일반적으로 DNA 칩 또는 항원항체 반응 등을 할때 형광을 labeling하여 assay를 하는 > >것으로 알고 있습니다. > >무식한 질문인지는 모르겠지만...? > >생체물질(DNA, protein, lipid, 등등)에 fluorescence labeling을 어떻게 하는지 > >그리고 이런 fluorescence labeling을 대행해 주는 업체가 있는지? > >알고 싶습니다.
    답변수정
    Molecular probes(www.probes.com) 라는 회사가 flurescent dye의 선두 주자 중의 하나입니다. 물론 작년 Invitrogen이 이 회사를 인수를 했습니다. 제가 알고 있기로는 Molecular Probes에서 700종 이상의 fluorescent chemical을 팔고 있습니다. 그러니 labeling을 하는 방식은 어떤 chemical이냐에 따라 조금씩 다르겠죠... 대행해 준다기 보다 워낙이 fluorescence labeling kit들이 잘 나와서 kit manual 대로 하시면 별 문제는 없구요...Molecular Probes 홈페이지에서 검색하시면 많은 정보를 얻을 수 있을 겁니다. 일반적으로 펩타이드나 DNA primer의 경우 같은 경우엔 합성 서비스를 하는데 옵션으로 fluorescence labeling을 요구하시면 되구요.. 항원 항체 같은 경우에 commercially available한 제품도 꽤 되구요 그렇지 않으면 fluorescence labeling kit를 사용하면 될 것 같구(잘 됩니다.)... DNA에 intercalating되어 fluorescence가 나오는 건 mixing만 하면 될 것 같구요... 타겟 생체분자가 뭔지를 좀 더 정확히 말씀해 주시면 대행 업체를 알아 보는데 도움이 될 것 같습니다. > >fluorescence labeling에 대해서 알고 싶습니다... > >제가 잘몰라서요! > >일반적으로 DNA 칩 또는 항원항체 반응 등을 할때 형광을 labeling하여 assay를 하는 > >것으로 알고 있습니다. > >무식한 질문인지는 모르겠지만...? > >생체물질(DNA, protein, lipid, 등등)에 fluorescence labeling을 어떻게 하는지 > >그리고 이런 fluorescence labeling을 대행해 주는 업체가 있는지? > >알고 싶습니다.
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    김소영님의 답변

    2004-11-25
    • 0
    먼저 무식한 저에게 좋은 말씀 감사합니다... 1. 합성 peptide에 fluorescence labeling 을 하는 방법과 대행업체 2. 천연물에서 분리한 flavonoids에 fluorescence labeling 을 하는 방법과 대행업체 3. 물론 물질마다 or 물질특성등등 여러 조건에 따라 다르겠지만 주로 fluorescence labeling 이 잘되는 물질(DNA, peptide, protein, lipid 등등...)또는 특징이 있지는요? 답변 부탁드리겠습니다.... >Molecular probes(www.probes.com) 라는 회사가 flurescent dye의 선두 주자 중의 하나입니다. 물론 작년 Invitrogen이 이 회사를 인수를 했습니다. > >제가 알고 있기로는 Molecular Probes에서 700종 이상의 fluorescent chemical을 팔고 있습니다. 그러니 labeling을 하는 방식은 어떤 chemical이냐에 따라 조금씩 다르겠죠... > >대행해 준다기 보다 워낙이 fluorescence labeling kit들이 잘 나와서 > >kit manual 대로 하시면 별 문제는 없구요...Molecular Probes 홈페이지에서 검색하시면 많은 정보를 얻을 수 있을 겁니다. > > > >일반적으로 펩타이드나 DNA primer의 경우 같은 경우엔 합성 서비스를 하는데 옵션으로 fluorescence labeling을 요구하시면 되구요.. > >항원 항체 같은 경우에 commercially available한 제품도 꽤 되구요 그렇지 않으면 fluorescence labeling kit를 사용하면 될 것 같구(잘 됩니다.)... > >DNA에 intercalating되어 fluorescence가 나오는 건 mixing만 하면 될 것 같구요... > > >타겟 생체분자가 뭔지를 좀 더 정확히 말씀해 주시면 대행 업체를 알아 보는데 도움이 될 것 같습니다. >
    답변수정
    먼저 무식한 저에게 좋은 말씀 감사합니다... 1. 합성 peptide에 fluorescence labeling 을 하는 방법과 대행업체 2. 천연물에서 분리한 flavonoids에 fluorescence labeling 을 하는 방법과 대행업체 3. 물론 물질마다 or 물질특성등등 여러 조건에 따라 다르겠지만 주로 fluorescence labeling 이 잘되는 물질(DNA, peptide, protein, lipid 등등...)또는 특징이 있지는요? 답변 부탁드리겠습니다.... >Molecular probes(www.probes.com) 라는 회사가 flurescent dye의 선두 주자 중의 하나입니다. 물론 작년 Invitrogen이 이 회사를 인수를 했습니다. > >제가 알고 있기로는 Molecular Probes에서 700종 이상의 fluorescent chemical을 팔고 있습니다. 그러니 labeling을 하는 방식은 어떤 chemical이냐에 따라 조금씩 다르겠죠... > >대행해 준다기 보다 워낙이 fluorescence labeling kit들이 잘 나와서 > >kit manual 대로 하시면 별 문제는 없구요...Molecular Probes 홈페이지에서 검색하시면 많은 정보를 얻을 수 있을 겁니다. > > > >일반적으로 펩타이드나 DNA primer의 경우 같은 경우엔 합성 서비스를 하는데 옵션으로 fluorescence labeling을 요구하시면 되구요.. > >항원 항체 같은 경우에 commercially available한 제품도 꽤 되구요 그렇지 않으면 fluorescence labeling kit를 사용하면 될 것 같구(잘 됩니다.)... > >DNA에 intercalating되어 fluorescence가 나오는 건 mixing만 하면 될 것 같구요... > > >타겟 생체분자가 뭔지를 좀 더 정확히 말씀해 주시면 대행 업체를 알아 보는데 도움이 될 것 같습니다. >
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    신동호님의 답변

    2004-11-25
    • 0
    Koster에 의해 개발된 beta-cyanoethyl phosphoramidite를 이용하여 DNA 구조의 골격을 이루는 phosphodiester 결합을 연결해가는 ‘phosphite triester’ DNA 합성 방법(Nucl. Acids. Res. 1984, 12, 4539; Tetrahedron Lett. 1983, 24, 5843)이 있습니다. 5'-hydroxyl group과 phosphoramidite간에 결합(coupling)이 일어나는 화학반응을 이용하는 것입니다. 결합을 위해서 activator(일종의 촉매)를 사용하는데, 주로 tetrazole이나 dicyanoimidazole을 사용합니다. 일반적으로 계획된 길이의 올리고뉴클레오티드를 합성하고 나면 5' 부위에 hydroxyl기가 드러나게 되어 있습니다. 여기에 Cy3, Cy5, Fluorescein 등의 형광체를 붙입니다. 이들 형광체도 beta-cyanoethyl phosphoramidite라는 반응기가 붙어있기 때문에 쉽게 붙일 수 있습니다. 펩타이드를 합성하는 방식도 이와 비슷합니다. 단백질의 경우에는 표면에 아민이나 카르복실기가 나와 있기 때문에 이들과 쉽게 결합할 수 있는 형광체를 사용할 겁니다. 어떠한 물질이든지 표면에 자유롭게 반응할 수 있는 반응기를 알고 있으면 그것과 결합할 수 있는 반응기를 갖고 있는 형광체를 찾는 것은 그렇게 어려운 일은 아닙니다. 이런 형광체를 파는 곳은 Molecular Probe, Glen Research, Proligo 등이 있고, 국내에는 GeneChem이라는 회사가 몇몇 품목에 대해 취급하고 있는것으로 압니다. DNA에 형광체를 붙여주는 업체들이 있는데, 국내에서 가장 큰 회사는 Bioneer이고, 그 이외에 Genotek이라는 회사가 있습니다. 궁금증이 풀리셨는지 모르겠습니다.
    답변수정
    Koster에 의해 개발된 beta-cyanoethyl phosphoramidite를 이용하여 DNA 구조의 골격을 이루는 phosphodiester 결합을 연결해가는 ‘phosphite triester’ DNA 합성 방법(Nucl. Acids. Res. 1984, 12, 4539; Tetrahedron Lett. 1983, 24, 5843)이 있습니다. 5'-hydroxyl group과 phosphoramidite간에 결합(coupling)이 일어나는 화학반응을 이용하는 것입니다. 결합을 위해서 activator(일종의 촉매)를 사용하는데, 주로 tetrazole이나 dicyanoimidazole을 사용합니다. 일반적으로 계획된 길이의 올리고뉴클레오티드를 합성하고 나면 5' 부위에 hydroxyl기가 드러나게 되어 있습니다. 여기에 Cy3, Cy5, Fluorescein 등의 형광체를 붙입니다. 이들 형광체도 beta-cyanoethyl phosphoramidite라는 반응기가 붙어있기 때문에 쉽게 붙일 수 있습니다. 펩타이드를 합성하는 방식도 이와 비슷합니다. 단백질의 경우에는 표면에 아민이나 카르복실기가 나와 있기 때문에 이들과 쉽게 결합할 수 있는 형광체를 사용할 겁니다. 어떠한 물질이든지 표면에 자유롭게 반응할 수 있는 반응기를 알고 있으면 그것과 결합할 수 있는 반응기를 갖고 있는 형광체를 찾는 것은 그렇게 어려운 일은 아닙니다. 이런 형광체를 파는 곳은 Molecular Probe, Glen Research, Proligo 등이 있고, 국내에는 GeneChem이라는 회사가 몇몇 품목에 대해 취급하고 있는것으로 압니다. DNA에 형광체를 붙여주는 업체들이 있는데, 국내에서 가장 큰 회사는 Bioneer이고, 그 이외에 Genotek이라는 회사가 있습니다. 궁금증이 풀리셨는지 모르겠습니다.
    등록된 댓글이 없습니다.
  • 답변

    김성원님의 답변

    2004-11-25
    • 0
    >먼저 무식한 저에게 좋은 말씀 감사합니다... > >1. 합성 peptide에 fluorescence labeling 을 하는 방법과 대행업체 > >2. 천연물에서 분리한 flavonoids에 fluorescence labeling 을 하는 방법과 대행업체 > >3. 물론 물질마다 or 물질특성등등 여러 조건에 따라 다르겠지만 주로 fluorescence labeling 이 잘되는 물질(DNA, peptide, protein, lipid 등등...)또는 특징이 있지는요? > 1. 저도 peptide 많이 주문하는데 지금은 anygen (http://www.anygen.co.kr)에서 받아씁니다. 전화는 062-602-7670. 실은 잘 아는 업체라 다른데서는 주문은 안해봤습니다. ^^! 짧은 peptide(10-mer 이하)만 주문해 봤는데 문제는 없었구요. fluorescent dye는 물론 biotynylation등 기본적인 modification은 대행해 줍니다. 2.3. Molecular Probes사를 좀 살펴보셨으며 아시겠지만 label이 잘 되고 안되고 하는 것은 아마 그 물질에 functional group이 얼마나 또 어떤 것이 있느냐에 따라 다를 것 같네요. 가장 많이 쓰는 FITC나 RITC류는 isothiocyanate계로 -NH2에 빠르고 강한 결합을 합니다. 또 -OH에도 결합을 잘 하며 -SH 등에도 약간 씩 결합을 합니다. -COOH에 결합을 하고 싶으시면 -NH2를 갖는 dye로 촉매를 써서 화학결합하면 되구요.. -SH는 -SH나 maleimide 류를 쓰면 특이적으로 결합합니다. DNA에 결합하는 경우, -OH기에 말씀드린대로 ITC류를 쓰면 결합이 잘 됩니다. 대신 double strand로 각 염기들의 NH2는 hydrogen bonding으로 묶여 있어야 하구요. 그외 여러방법이 있겠습니다. 다시 말씀드리자면 labeling 하고 싶으신 물질의 구조에서 activity에 가장 영향을 주지않을 만한 곳의 functional group이 무엇인지를 찾아서 적절한 dye를 결합하는 합성방법을 찾는 것이 좋을 같습니다. DNA나 peptide, protein, polysaccharide 등은 분자가 커서 activity에 큰 영향이 없이 labeling을 할 수가 있는데 저분자나 단분자의 경우는 labeling시 그 activity에 큰 영향을 줄 수가 있을 것입니다.
    답변수정
    >먼저 무식한 저에게 좋은 말씀 감사합니다... > >1. 합성 peptide에 fluorescence labeling 을 하는 방법과 대행업체 > >2. 천연물에서 분리한 flavonoids에 fluorescence labeling 을 하는 방법과 대행업체 > >3. 물론 물질마다 or 물질특성등등 여러 조건에 따라 다르겠지만 주로 fluorescence labeling 이 잘되는 물질(DNA, peptide, protein, lipid 등등...)또는 특징이 있지는요? > 1. 저도 peptide 많이 주문하는데 지금은 anygen (http://www.anygen.co.kr)에서 받아씁니다. 전화는 062-602-7670. 실은 잘 아는 업체라 다른데서는 주문은 안해봤습니다. ^^! 짧은 peptide(10-mer 이하)만 주문해 봤는데 문제는 없었구요. fluorescent dye는 물론 biotynylation등 기본적인 modification은 대행해 줍니다. 2.3. Molecular Probes사를 좀 살펴보셨으며 아시겠지만 label이 잘 되고 안되고 하는 것은 아마 그 물질에 functional group이 얼마나 또 어떤 것이 있느냐에 따라 다를 것 같네요. 가장 많이 쓰는 FITC나 RITC류는 isothiocyanate계로 -NH2에 빠르고 강한 결합을 합니다. 또 -OH에도 결합을 잘 하며 -SH 등에도 약간 씩 결합을 합니다. -COOH에 결합을 하고 싶으시면 -NH2를 갖는 dye로 촉매를 써서 화학결합하면 되구요.. -SH는 -SH나 maleimide 류를 쓰면 특이적으로 결합합니다. DNA에 결합하는 경우, -OH기에 말씀드린대로 ITC류를 쓰면 결합이 잘 됩니다. 대신 double strand로 각 염기들의 NH2는 hydrogen bonding으로 묶여 있어야 하구요. 그외 여러방법이 있겠습니다. 다시 말씀드리자면 labeling 하고 싶으신 물질의 구조에서 activity에 가장 영향을 주지않을 만한 곳의 functional group이 무엇인지를 찾아서 적절한 dye를 결합하는 합성방법을 찾는 것이 좋을 같습니다. DNA나 peptide, protein, polysaccharide 등은 분자가 커서 activity에 큰 영향이 없이 labeling을 할 수가 있는데 저분자나 단분자의 경우는 labeling시 그 activity에 큰 영향을 줄 수가 있을 것입니다.
    등록된 댓글이 없습니다.
목록
목록