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protein truncation test (PTT)에 대해 알고싶습니다.

2005-01-07 org.kosen.entty.User@763025ac 신연남(yannan1016)
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protein truncation test (PTT)에 대해 알고싶습니다.
  • protein truncation test (PTT)
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    전주홍님의 답변

    2005-01-07
    • 0
    PTT assay는 DNA 염기서열에 Nonsense or frameshift mutation이 생기면 단백질 합성이 중단이 되는데 이러한 유전자 변이를 단백질 수준에서 확인 하는 방법입니다. Familial Adenomatous Polyposis에서 APC 유전자, 유방 암과 난소암에 서 BRCA1나 BRCA2 유전자, polycystic kidney disease에서 PKD1 유전자, neurofibromatosis에서 NF1 and NF2 유전자, Emery- Dreifuss muscular dystrophyDuchenne에서 EMD 유전자, muscular dystrophy에서 DMD 유전자등이 흔히 이러한 변이가 생겨 단백질의 premature termination이 일으납니다. 환자의 sample에서 target gene을 PCR로 얻은 후, in vitro transcription/translation을 거쳐 단백질의 premature termination을 확인합니다. SDS-PAGE를 한 후 autoradiography (translation시 35-S methionine을 사용)를 하거나 membrane으로 transfer한 후 western blotting 방법으로 확인할 수 있겠죠... 또는, translation시 biotin-labelled lysin을 이용 하기도 합니다. Premature termination이 되면 단백질 크기가 작아지죠... >protein truncation test (PTT)에 대해 알고싶습니다.
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    PTT assay는 DNA 염기서열에 Nonsense or frameshift mutation이 생기면 단백질 합성이 중단이 되는데 이러한 유전자 변이를 단백질 수준에서 확인 하는 방법입니다. Familial Adenomatous Polyposis에서 APC 유전자, 유방 암과 난소암에 서 BRCA1나 BRCA2 유전자, polycystic kidney disease에서 PKD1 유전자, neurofibromatosis에서 NF1 and NF2 유전자, Emery- Dreifuss muscular dystrophyDuchenne에서 EMD 유전자, muscular dystrophy에서 DMD 유전자등이 흔히 이러한 변이가 생겨 단백질의 premature termination이 일으납니다. 환자의 sample에서 target gene을 PCR로 얻은 후, in vitro transcription/translation을 거쳐 단백질의 premature termination을 확인합니다. SDS-PAGE를 한 후 autoradiography (translation시 35-S methionine을 사용)를 하거나 membrane으로 transfer한 후 western blotting 방법으로 확인할 수 있겠죠... 또는, translation시 biotin-labelled lysin을 이용 하기도 합니다. Premature termination이 되면 단백질 크기가 작아지죠... >protein truncation test (PTT)에 대해 알고싶습니다.
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    김동욱님의 답변

    2005-01-10
    • 0

    첨부파일

    보충설명. PPT관련 유전병 Ref: Promega Notes Magazine Number 62, 1997, p. 07 1.Familial Adenomatous Polyposis(APC, 95%) 2.Hereditary desmoid disease(APC, 100%) 3.Ataxia telangiectasia (ATM, 90%) 4.Hereditary breast and ovarian cancer(BRCA1 or2, 90%) 5.Cystic Fibrosis(CFTR, 15%) 6.Duchenne Muscular Dystrophy(DMD, 95%) 7.Emery-Dreifuss Muscular Dystrophy(EMD, 80%) 8.Fanconi anaemia(FAA,80%) 9.Hunter Syndrome(IDS,~50%) 10.Hereditary non-polyposis colorectal cancer(hMSH1 or 2 70-80%) 11.Neurofibromatosis type 1(NF1, 50%) 12.Neurofibromatosis type 2(NF2, 65%) 13.Polycystic Kidney Disease(PKD1, 95%) 14.Rubinstein-Taybi Syndrome(RTS, 10%) **The percentage of truncating mutations reported which should be detectable using PTT. 한계및 단점: 1. mutated allele를 PCR 하는데 실패할수있다. (매우긴 sequence가 primer앞쪽에 insertion된 allele경우, 혹은 primer site에 muation이나 결실이 생긴 allele경우) 2. 매우 짧은 sequence가 삽입이나 결실시 SDS-PAGE로 검출시 매우 어렵다. MALDI-검출이 가능함 >protein truncation test (PTT)에 대해 알고싶습니다.
    답변수정
    보충설명. PPT관련 유전병 Ref: Promega Notes Magazine Number 62, 1997, p. 07 1.Familial Adenomatous Polyposis(APC, 95%) 2.Hereditary desmoid disease(APC, 100%) 3.Ataxia telangiectasia (ATM, 90%) 4.Hereditary breast and ovarian cancer(BRCA1 or2, 90%) 5.Cystic Fibrosis(CFTR, 15%) 6.Duchenne Muscular Dystrophy(DMD, 95%) 7.Emery-Dreifuss Muscular Dystrophy(EMD, 80%) 8.Fanconi anaemia(FAA,80%) 9.Hunter Syndrome(IDS,~50%) 10.Hereditary non-polyposis colorectal cancer(hMSH1 or 2 70-80%) 11.Neurofibromatosis type 1(NF1, 50%) 12.Neurofibromatosis type 2(NF2, 65%) 13.Polycystic Kidney Disease(PKD1, 95%) 14.Rubinstein-Taybi Syndrome(RTS, 10%) **The percentage of truncating mutations reported which should be detectable using PTT. 한계및 단점: 1. mutated allele를 PCR 하는데 실패할수있다. (매우긴 sequence가 primer앞쪽에 insertion된 allele경우, 혹은 primer site에 muation이나 결실이 생긴 allele경우) 2. 매우 짧은 sequence가 삽입이나 결실시 SDS-PAGE로 검출시 매우 어렵다. MALDI-검출이 가능함 >protein truncation test (PTT)에 대해 알고싶습니다.
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