2005-01-16
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신연남(yannan1016)
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comparative genomic hybridization의 원리및 방법에 대해 알고 싶습니다
- comparative genomic hybridization
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 2
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답변
전주홍님의 답변
2005-01-17- 0
Comparative genomic hybridization (CGH)는 molecular cytogenetic tool로서 chromosome deletion, duplication, or amplification 등 genome 상의 변화를 확인하는 방법입니다. FISH (Fluorescence in situ hybridization)과 유사성이 있는데, FISH는 하나의 Probe를 이용하여 chromosome 상의 위치를 찾는 것인데 반해 CGH는 Genome-wide screening을 하는 차이가 있습니다. CGH 말그대로 두가지의 sample을 비교(Comparative)하는 것입니다. 비교의 대상은 Genome이 되고 방법론적으로 Hybridization을 이용하고 있습니다. Test sample과 normal reference sample의 DNA를 서로 다르게 형광labeling을 한 후, hybridization을 시키게 됩니다. 만약 deletion, duplication, or amplification이 되면 형광을 띠는 정도의 변화가 생기기 때문에 확인이 됩니다. 또한 이러한 부분이 어디인지도 DNA cloning 기법을 통해 확인하여 tumor suppressor 등을 찾은 논문들도 많이 있습니다. 일반적으로 암에서 chromosome 상의 특정 위치가 deletion 되는 경우가 흔히 관찰되며, 물론 특정 유전자의 amplification이 되는 경우도 많습니다. Dawn syndrome의 경우처럼 chromosome 하나가 더 존재를 하게되는 경우도 있고, 원인을 잘모르는 소아 질환의 경우, deletion이 나타나는 경우도 많이 있습니다. 국내 벤쳐회사인 Macrogen에서 CGH chip 개발을 한 예도 있습니다. 아래 웹사이트도 참고해 보세요... amba.charite.de/cgh >comparative genomic hybridization의 원리및 방법에 대해 알고 싶습니다 -
답변
박인영님의 답변
2005-01-24- 0
>amba.charite.de/cgh 위 분이 좋은 web site를 추천해주셨습니다. 간단히 실험 과정에 대해 정리해보면.. 정상적인 genomic DNA와 chromosome 상의 deletion이나 amplification 여부 및 위치를 알고 싶은 세포(주로 tumor cell)의 genomic DNA 전체를 각각 다른 형광물질로 labeling하여 정상 세포의 chromosome과 hybridization하여 형광 색깔을 비교 분석합니다. 정상적인 genomic DNA를 red, 알고싶은 sample은 green으로 labeling하였을 때 모두가 hybridization되어 yellow가 나와야 되지맘 red 색이 강한 chromosome 부분은 deletion되어있음을 알 수 있고, green색이 강한 부분운 amplification되었음을 알 수 있겠죠. 이를 chromosome 사진 옆에 graph로 표시합니다. Deletion되면 기준선보다 왼쪽으로 치우치고, amplification되면 오른쪽으로 치우치게 되죠. 보통 10번 이상 실험하여 선 표시로 모두를 보여주기도 합니다. 제가 옛날에 준비했던 file을 첨부합니다.