2006-03-01
org.kosen.entty.User@6c7bc413
이현정(endeavor)
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궁금한 점이 있어 이렇게 글 올립니다.
현재 cloning을 하고 있는데요.
한 gene이 유독 PCR이 안되요.
여러 조건으로 해봤는데 다 안되더라구요.
enzyme은 물론 pfu 사용하였구요,
여러번 시도했음에도 불구하고 PCR이 안 되길래 혹 유전자가 없는게 아닌가 해서 잘라 봤거든요.
CDS 내에 존재하는 enzyme을 사용해서 잘랐는데 예상 size가 아닌 다른 size의 밴드가 나오더라구요.
현재 sequencing을 맡겼는데 아직 결과를 받지 못한 상태입니다.
그래서 말인데요, 현재 cloning 해야 할 gene이 많은데 PCR이 안되는 gene에 대해 annealing 온도를 낮춰서 하면 어떻게 되나요?
nonspecific하게 증폭이 되나요?
primer 제작한 뒤 PCR analyzer program을 사용하여 primer가 template에 붙는지 확인을 해보면 annealing 온도를 50도 이하로 낮췄을때가 온도를 50도 이상으로 높였을때보다 적은 수(mer)의 primer를 사용해도 template에 잘 붙던데 온도를 낮춰주면 어떻게 되는지 궁금합니다.
그럼 빠른 답변 부탁드립니다.
- PCR
- annealing temperature
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
정철웅님의 답변
2006-03-02- 0
일단 어떤 조건들을 사용했었는지가 궁금하네요? 잘 안된다는 것이 아예 밴드가 안나온 다는 것인지 아니면 잡밴드가 너무 많이 나온다는 것인지 알 수 없으나 밴드가 안나온 다는 것으로 판단하고 조언을 드리지요. 1. 첨부터 가지고 있는 프라이머와 유전자를 다시 한번 검토하셔야 합니다. 2. 분석프로그램에서 제시한 온도 보다 한 10도 정도 더 낮추어서 시도를 해 보시길 바랍니다. 3. two temperature PCR (95도와 68도)을 한번 시도 해 보는 것도 권합니다. 4. 극한의 경우 어닐링을 4도로 하는 경우도 있습니다. 위의 것도 다 안될 시에는 프라이머를 다시 짜는 것이 낳을 듯 합니다.