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Western blot의 transfer 시 membrane과 gel 각각에서 band 위치가 달라질 수 있나요?

평소에 gel에서 확인하던 band 위치보다 Western blot시에 membrane에서 보이는 위치가 훨씬 위에 보입니다 왜이러죠?
  • western blot
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답변 2
  • 답변

    박재봉님의 답변

    >평소에 gel에서 확인하던 band 위치보다 > >Western blot시에 membrane에서 보이는 위치가 훨씬 위에 보입니다 > >왜이러죠? (1) 젤이 수축되어 젤의 크기가 작아지면 그런 일이 일어날 수 있다고 생각됩니다. 즉 젤의 농도가 아주 낮거나 젤을 PVDF막에 얹기전 20% ethanol에서 미리 soaking할 때나트래스퍼할때 젤의 크기가 작아질 수 있다고 생각됩니다. (2) SDS-PAGE 전기영동 시간이 짧았던 것은 아닌가요? (3) 실제 원하는 단백질이 아니라 비특이적 밴드가 강하게 신호를 보내는 것은 아닐까요?
    >평소에 gel에서 확인하던 band 위치보다 > >Western blot시에 membrane에서 보이는 위치가 훨씬 위에 보입니다 > >왜이러죠? (1) 젤이 수축되어 젤의 크기가 작아지면 그런 일이 일어날 수 있다고 생각됩니다. 즉 젤의 농도가 아주 낮거나 젤을 PVDF막에 얹기전 20% ethanol에서 미리 soaking할 때나트래스퍼할때 젤의 크기가 작아질 수 있다고 생각됩니다. (2) SDS-PAGE 전기영동 시간이 짧았던 것은 아닌가요? (3) 실제 원하는 단백질이 아니라 비특이적 밴드가 강하게 신호를 보내는 것은 아닐까요?
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    김홍기님의 답변

    >평소에 gel에서 확인하던 band 위치보다 > >Western blot시에 membrane에서 보이는 위치가 훨씬 위에 보입니다 > >왜이러죠? 일단 어떤 membrane을 사용하였는지 알 수 없으나, 윗분이 말씀하신 gel의 수축에 따른 것도 있으나, 이경우도 marker 또한 동일하게 수축되므로 결국 PAGE 결과와 Western 결과를 놓고 band 위치를 marker와 함께 놓고 본다면 정확히 알 수 있을 겁니다. 그렇지 않은 경우 Marker와의 위치를 고려하여도 band 위치가 다르다면 non-specific 일 수 있습니다.
    >평소에 gel에서 확인하던 band 위치보다 > >Western blot시에 membrane에서 보이는 위치가 훨씬 위에 보입니다 > >왜이러죠? 일단 어떤 membrane을 사용하였는지 알 수 없으나, 윗분이 말씀하신 gel의 수축에 따른 것도 있으나, 이경우도 marker 또한 동일하게 수축되므로 결국 PAGE 결과와 Western 결과를 놓고 band 위치를 marker와 함께 놓고 본다면 정확히 알 수 있을 겁니다. 그렇지 않은 경우 Marker와의 위치를 고려하여도 band 위치가 다르다면 non-specific 일 수 있습니다.
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