2008-05-31
org.kosen.entty.User@49286cd6
김세윤(rkdhs2)
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안녕하세요?
sequencing 되어있는 bacteria의 sequnce를 대상으로 primer를 design 하려고 하는데요.
3종류의 sequence를 다 같이 잡는 primer를 design하려면 wobble을 넣어줘야 하는
걸로 알고 있는데요.
이렇게 넣어줄 수 있는 wobble의 종류를 알려면 어떤 책을 봐야 할까요?
인터넷 검색으로는 한계가 있는 것 같구요..
예를 들어
1. AGCTACCT
2. AGCTTGCC
3. AGCTTAGC
이렇다면.. 이걸 다 같이 잡아주려면 4번째를 A와 T, 5번째는 C,G,A를 다 대체
할 수 있는 wobble을 넣어줘야 할 것 같은데요. 잘 설명된 인터넷 사이트도 좋구요.
그럼 미리 감사드립니다~
- wobble
- primer
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
유용규님의 답변
2008-06-03- 0
제노텍이나 코스모진텍, 바이오니아 등에 프라이머 주문시에 아래의 기준으로 하시면 되는 것으로 알고 있구요..... 자세한 사항은 업체에 문의하시는게 가장 빠를것 같습니다. Degenerate Bases(Mixed, wobble Bases, IUB code) 모든 올리고는 ‘mixed base' 를 포함하여 합성될 수 있습니다. 원하시는 mixed base를 아래 IUB code를 참고하시어 주문하시면 됩니다. IUB Code Name: Mixed Base (Comments) R: A + G (puRines) Y: C + T (pYrimidine) M: A + C (aMine) K: G + T (Keto) S: G + C (Strong(3H-bonds)) W: A + T (Weak(2H-bonds)) H: A + T + C (not G) D: G + A + T (not C) B: G + T + C (not A) V: G + A + C (not T) N: A + G + C + T (aNy)