지식나눔

primer design시 wobble base pair 넣기

안녕하세요? sequencing 되어있는 bacteria의 sequnce를 대상으로 primer를 design 하려고 하는데요. 3종류의 sequence를 다 같이 잡는 primer를 design하려면 wobble을 넣어줘야 하는 걸로 알고 있는데요. 이렇게 넣어줄 수 있는 wobble의 종류를 알려면 어떤 책을 봐야 할까요? 인터넷 검색으로는 한계가 있는 것 같구요.. 예를 들어 1. AGCTACCT 2. AGCTTGCC 3. AGCTTAGC 이렇다면.. 이걸 다 같이 잡아주려면 4번째를 A와 T, 5번째는 C,G,A를 다 대체 할 수 있는 wobble을 넣어줘야 할 것 같은데요. 잘 설명된 인터넷 사이트도 좋구요. 그럼 미리 감사드립니다~
  • wobble
  • primer
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답변 1
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    유용규님의 답변

    제노텍이나 코스모진텍, 바이오니아 등에 프라이머 주문시에 아래의 기준으로 하시면 되는 것으로 알고 있구요..... 자세한 사항은 업체에 문의하시는게 가장 빠를것 같습니다. Degenerate Bases(Mixed, wobble Bases, IUB code) 모든 올리고는 ‘mixed base' 를 포함하여 합성될 수 있습니다. 원하시는 mixed base를 아래 IUB code를 참고하시어 주문하시면 됩니다. IUB Code Name: Mixed Base (Comments) R: A + G (puRines) Y: C + T (pYrimidine) M: A + C (aMine) K: G + T (Keto) S: G + C (Strong(3H-bonds)) W: A + T (Weak(2H-bonds)) H: A + T + C (not G) D: G + A + T (not C) B: G + T + C (not A) V: G + A + C (not T) N: A + G + C + T (aNy)
    제노텍이나 코스모진텍, 바이오니아 등에 프라이머 주문시에 아래의 기준으로 하시면 되는 것으로 알고 있구요..... 자세한 사항은 업체에 문의하시는게 가장 빠를것 같습니다. Degenerate Bases(Mixed, wobble Bases, IUB code) 모든 올리고는 ‘mixed base' 를 포함하여 합성될 수 있습니다. 원하시는 mixed base를 아래 IUB code를 참고하시어 주문하시면 됩니다. IUB Code Name: Mixed Base (Comments) R: A + G (puRines) Y: C + T (pYrimidine) M: A + C (aMine) K: G + T (Keto) S: G + C (Strong(3H-bonds)) W: A + T (Weak(2H-bonds)) H: A + T + C (not G) D: G + A + T (not C) B: G + T + C (not A) V: G + A + C (not T) N: A + G + C + T (aNy)
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