지식나눔

random primer를 이용한 pcr에 관한 질문이 있습니다.

제가 pcr을 하는데 하나는 알고 있는 sequence를 바탕으로 한 25mer짜리 primer를 사용하고, 다른 하나는 8mer짜리 random primer를 사용하려고 합니다. 둘다 10pmole/ul 농도로 사용하려고 하는데 제가 random primer에 대한 지식이 부족해서 찾은 문헌마다 조건이 너무 판이하고;;; 두 primer를 같은 농도로 사용해도 되는지? annealing Tm 값은 어떻게 결정해야하는지? 잘 모르겠습니다. 혹시나 이런 값에 관련된 지식이나 논문이 있으면 알려주세요. 좋은 답변 부탁드립니다.
  • random primer
  • pcr
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    DELETED님의 답변

    >제가 pcr을 하는데 > >하나는 알고 있는 sequence를 바탕으로 한 25mer짜리 primer를 사용하고, > >다른 하나는 8mer짜리 random primer를 사용하려고 합니다. > >둘다 10pmole/ul 농도로 사용하려고 하는데 > >제가 random primer에 대한 지식이 부족해서 찾은 문헌마다 조건이 너무 판이하고;;; > >두 primer를 같은 농도로 사용해도 되는지? annealing Tm 값은 어떻게 결정해야하는지? > >잘 모르겠습니다. 혹시나 이런 값에 관련된 지식이나 논문이 있으면 알려주세요. > >좋은 답변 부탁드립니다. > >re: 제 생각에는 product가 2kb 이하라면, 보통 random primer는 final 0.4 pmole/ul 로 사용하시면 됩니다. 쉽게 생각해서 보통 primer를 final 0.2pmole/ul로 사용하니 두배 사용하시면 될것 같고, Tm은 보통 PCR조건으로 예를 들어, 55-62정도로 gradient PCR를 해보면 대략 나오지 않을까 생각됩니다.
    >제가 pcr을 하는데 > >하나는 알고 있는 sequence를 바탕으로 한 25mer짜리 primer를 사용하고, > >다른 하나는 8mer짜리 random primer를 사용하려고 합니다. > >둘다 10pmole/ul 농도로 사용하려고 하는데 > >제가 random primer에 대한 지식이 부족해서 찾은 문헌마다 조건이 너무 판이하고;;; > >두 primer를 같은 농도로 사용해도 되는지? annealing Tm 값은 어떻게 결정해야하는지? > >잘 모르겠습니다. 혹시나 이런 값에 관련된 지식이나 논문이 있으면 알려주세요. > >좋은 답변 부탁드립니다. > >re: 제 생각에는 product가 2kb 이하라면, 보통 random primer는 final 0.4 pmole/ul 로 사용하시면 됩니다. 쉽게 생각해서 보통 primer를 final 0.2pmole/ul로 사용하니 두배 사용하시면 될것 같고, Tm은 보통 PCR조건으로 예를 들어, 55-62정도로 gradient PCR를 해보면 대략 나오지 않을까 생각됩니다.
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    신동욱님의 답변

    >제가 pcr을 하는데 > >하나는 알고 있는 sequence를 바탕으로 한 25mer짜리 primer를 사용하고, > >다른 하나는 8mer짜리 random primer를 사용하려고 합니다. > >둘다 10pmole/ul 농도로 사용하려고 하는데 > >제가 random primer에 대한 지식이 부족해서 찾은 문헌마다 조건이 너무 판이하고;;; > >두 primer를 같은 농도로 사용해도 되는지? annealing Tm 값은 어떻게 결정해야하는지? > >잘 모르겠습니다. 혹시나 이런 값에 관련된 지식이나 논문이 있으면 알려주세요. > >좋은 답변 부탁드립니다. > 어떤 목적으로 random primer를 쓰시는지가 파악이 안됩니다. random primer를 사용하는 주목적은 RNA pool로부터 cDNA를 합성하는 데 이용하는 것이며, 특정 DNA를 amplification하는 데는 잘 활용하지 않기 때문입니다. 목적을 알려주신다면 좀 더 좋은 답변을 드릴 수 있을 것 같습니다
    >제가 pcr을 하는데 > >하나는 알고 있는 sequence를 바탕으로 한 25mer짜리 primer를 사용하고, > >다른 하나는 8mer짜리 random primer를 사용하려고 합니다. > >둘다 10pmole/ul 농도로 사용하려고 하는데 > >제가 random primer에 대한 지식이 부족해서 찾은 문헌마다 조건이 너무 판이하고;;; > >두 primer를 같은 농도로 사용해도 되는지? annealing Tm 값은 어떻게 결정해야하는지? > >잘 모르겠습니다. 혹시나 이런 값에 관련된 지식이나 논문이 있으면 알려주세요. > >좋은 답변 부탁드립니다. > 어떤 목적으로 random primer를 쓰시는지가 파악이 안됩니다. random primer를 사용하는 주목적은 RNA pool로부터 cDNA를 합성하는 데 이용하는 것이며, 특정 DNA를 amplification하는 데는 잘 활용하지 않기 때문입니다. 목적을 알려주신다면 좀 더 좋은 답변을 드릴 수 있을 것 같습니다
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