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>대학원에 재학중인 학생입니다. > >제 연구에서 궁금하게 있어서 고수님들게 질문 드립니다. > >저는 동물 세포을 culture 해서 그 cultured-media를 가지고 실험을 하고 있는데, > >media 에 들어있는 molecule 을 찾고 싶습니다. > >그런데 제가 이런 분석 관련된 지식이 전혀 없어서 어려움이 있습니다. > >제가 찾을려고 하는 molecule 은 size도 3kDa 이하의 작은 물질이라 분리,분류 하기가 > >어렵습니다. > >단백질인지 지질류인지, 또는 media에 녹아있는 gas 류 인지에 대한 것도 잘 모르겠습니 > >다. > >그리고 MALDI-TOF 와 같은 분석을 하려 해도 media이다 보니 salt 농도가 높아서 > >분석이 어렵다고 합니다. > >그래서 도움을 얻었으면 합니다. > >일단, 이 물질은 특징을 간단하게라도 특징을 분류해 보고 싶습니다. > >단백질인지 지질류인지, 또는 탄수화물류 인지 간단히 알수 있는 방법이 있을까요? > >(culumm 과 같은 것도 있다는데...) > >그리고 MALDI 등과 같은 분석을 하려면 각각의 경우 어떤 방법이 가장 좋은지? > >또 분석을 의뢰하기 좋은 곳 등을 추천해주시면 감사하겠습니다. 단백질, 지질, 탄수화물인지에 대한 정보가 없다면 사실 좀 막막해 보입니다. 현재로서는, 우선 crude한 물질을 1차적으로 정제하는 과정이 필요할거 같습니다. 단백질과 탄수화물일 경우, GPC같은 컬럼방법(3kD이하라면 Sepadex G-10으로 정제 가능)으로 정제하는 과정이 있습니다. 지질의 경우라면, flash column chromatography법으로 정제하는 과정이 필요할 거 같습니다. 그런 이후에는, 각각의 생화학적 분석방법을 통해 확인해 보는 방법이 있겠습니다. 단백질의 경우라면, Bradford assay등과 같은 방법을, 지질의 경우에는 TLC로 1차 분석(Ammonium molybdate로 spraying agent를 뿌렸을 때, 파란색으로 보일 경우, 인지질일 가능성이 높음, 인지질이 아닐경우, 그렇지 않은 경우, GC로 분석, 하지만 2-3차 정제가 필요)을 해보는 방법이 있겠습니다. 탄수화물일 경우, phenol-sulfuric acid로 spray후에 charring하는 방법으로 확인이 가능할 거 같습니다. 그런데, size가 3kD이하인 것으로 보아서 단백질, 특히 펩타이드일 가능성이 높아 보입니다. 이럴 경우, 단백질 분리,정제법(desalting, column 등)을 참고하시어 어느정도 정제를 거친후에 mass나 생화학적 방법으로 분석해 보세요. MALDI-TOF mass의 경우는 어느정도 salt에 tolerance하나 salt가 있게 되면, resolution이 매우 낮아지게 됩니다. 따라서 정제를 한 후에, 단백질에 맞는 matrix와 혼합한 후에 분석하게 되면(기기 operator가 단백질 분석이라고 말할 경우 적당한 matrix를 선정해서 분석해줌) direct size정보를 알 수 있습니다. 그런후에, 정제된 단백질을 peptide squencing하게 되면 서열 정보도 얻을 수 있습니다.